kryty_niekrytyczny pisze:Piotr B. pisze:W pracy nie mierzę jednak wymierania wiroidów,
Użyłem skrótu myślowego :-) , ale w takim razie - co mierzysz? Jeśli przyjmiemy, że divergence rates, to: nie można oszacować tego tempa dysponując tylko dzisiejszym materiałem genetycznym. Może we wczesnej kredzie (3 wydarzenia wg Ciebie) było ich o wiele więcej, w związku z rozwojem kwiatowych, ale większość linii nie przetrwała do dziś, więc i nie trafiła do baz danych z sekwencjami? Pomijam już inne problemy związane z ewolucją molekularną wiroidów i doborem sekwencji.
O problemach wynikających z możliwych ślepych linii ewolucyjnych wiroidów wspomniałem w pracy, jak już wspominam w poście powyżej. W pracy poświęciłem nawet osobny rozdział temu, by wymienić część problemów dotykających badanie ewolucji molekularnej wiroidów.
W pracy nie napisałem, że coś mierzę, tylko napisałem, że szacuję - patrz np.:
I also estimate the divergence rates of Pospiviroidae throughout the Cretaceous and the Paleogene.
The time-calibrated phylogenetic tree (Fig. 2) was used to estimate the divergence rates of Pospiviroidae in different epochs of the Cretaceous and the Paleogene periods.
Gdyby wiroidy pozostawiały po sobie skamieniałości, ale nie pozostawiają, ich zapis kopalnych byłby bardzo niekompletny i nierównodajny. Dawny materiał genetyczny tymczasem nie istnieje. Zrobiłem to, co jest możliwe zrobić, czyli zbadałem dzisiejszy materiał genetyczny.
Myślę, że moje wyniki najłatwiej będzie przetestować stosując zbliżoną metodologię przy badaniu innych pagotenów subwiralnych i wirusów:
but results obtained in this study are preliminary and require a thorough testing in future research. As viroids constitute a small group, the study of divergence rates of viruses would provide an important control.
kryty_niekrytyczny pisze:Piotr B. pisze:Inny wątek tej pracy związany jest z moim wydatowaniem wiroidów na wczesną kredę. Wraz z faktem, że wiroidy infekują tylko okrytonasienne, ogólnie słabo przystaje to do znanej wirusologom hipotezy, że wiroidy stanowią relikt z hipotetycznego świata RNA sprzed 4 miliardów lat.
Przecież co najwyżej wydatowałeś crown, a nie total - group.
Nie napisałem, że odrzucam tę hipotezę. Dołownie napisałem, że moje wyniki "do not support", czyli "nie wspierają" tej hipotezy:
However, the Early Cretaceous origin of viroids inferred from molecular dating in this study and their close association with angiosperm plants do not support the hypothesis of viroids as relics from the primordial RNA world.
Owszem, te (i inne wspomniane fakty) nie dają żadnego wsparcia dla tej hipotezy. Wręcz przeciwnie, przy obecnym bogactwie świata żywego, wydaje mi się podejrzane, że wiroidy, które hipotetycznie miałyby istnieć od ok. 4 mld lat, infekują wyłącznie jedną malutką i tak bardzo młodą ewolucyjnie grupę, jaką są rośliny okrytonasienne. W mojej pracy nie wykluczam jednak, że jest to kwestia opróbkowania:
However, members of the family Avsunviroidae are not capable of replication without resorting to a host despite their ribozymatic activity (Rao and Kalantidis 2015). They are solely known to infect angiosperms (an evolutionarily young group) and unknown to replicate in chloroplasts of other eukaryotes. On the other hand, viroids are usually described from cultivated plants, such as fruit trees, vegetables, and ornamental plants, whereas pathogens of most plant groups seem poorly studied.