Szczerze mĂłwiÄ
c filogenetyk musi wiedzieÄ jak badaÄ pokrewieĹstwa i jak one wyglÄ
dajÄ
w Ĺwietle ostatnich badaĹ. Natomiast jeĹli publikuje swe badania wg 1 nomenklatury, to nie musi znaÄ siÄ na drugiej, zwĹaszcza jeĹli w interesujÄ
cych go grupach phylocode'a siÄ nie stosuje. OczywiĹcie lepiej Ĺźeby znaĹ oba systemy, ale nie ma takiej koniecznoĹci.
OczywiĹcie "nikomu" i "system lineuszowski" to byĹy skrĂłty myĹlowe, o czym sam wiesz.
DyskusjÄ TwojÄ
z Dawidem czytaĹem. Dalej jestem zdania, Ĺźe filokod jest wygodny dopĂłki bazujemy na niewielkiej liczbie taksonĂłw. JeĹźeli jest ich duĹźo, potrzebujemy drzewa, Ĺźeby siÄ nie pogubiÄ. Wtedy tradycyjny system ma przewagÄ, bo moĹźna siÄ w nim swobodnie poruszaÄ, nawet gdy taksonĂłw jest duĹźo. MoĹźliwe, Ĺźe system tradycyjny jest bardziej mÄtny przy definiowaniu taksonĂłw, ale za to jest plastyczny i cierpliwie znosi wszelkie zmiany.
FiloKodeks (PhyloCode)
- Daniel Madzia
- Jurajski allozaur
- Posty: 1609
- Rejestracja: 15 marca 2006, o 12:39
- Lokalizacja: Třinec, Česká republika
- Kontakt:
Ale nie musi znac nomenklature filogenetyczna. ;)Utahraptor pisze:Szczerze mĂłwiÄ c filogenetyk musi wiedzieÄ jak badaÄ pokrewieĹstwa i jak one wyglÄ dajÄ w Ĺwietle ostatnich badaĹ.
Dokladnie.Utahraptor pisze:Natomiast jeĹli publikuje swe badania wg 1 nomenklatury, to nie musi znaÄ siÄ na drugiej, zwĹaszcza jeĹli w interesujÄ cych go grupach phylocode'a siÄ nie stosuje.
Zgadzam sie.Utahraptor pisze:OczywiĹcie lepiej Ĺźeby znaĹ oba systemy, ale nie ma takiej koniecznoĹci.
Tak, domyslilem sie, ale chcialem to podkreslic. ;)Utahraptor pisze:OczywiĹcie "nikomu" i "system lineuszowski" to byĹy skrĂłty myĹlowe, o czym sam wiesz.
Zgadzam sie, ze sama nazwa "Squamata" nic nie mowi o tym, jak obszerna ta grupa jest. To ale nie znaczy, ze juz sam fakt, ze chodzi o definiowana nazwe, nie ma wiekszej wagi niz jakakolwiek ranga! Jak napisalem Dawidowi:Utahraptor pisze:Dalej jestem zdania, Ĺźe filokod jest wygodny dopĂłki bazujemy na niewielkiej liczbie taksonĂłw. JeĹźeli jest ich duĹźo, potrzebujemy drzewa, Ĺźeby siÄ nie pogubiÄ.
Czyli:Daniel Madzia pisze:Nie mam zamiar twierdzic, ze ja wyobrazam sobie pod pojeciem "rodzina" cos innego. Ja wyobrazam sobie stosunkowo niewielka grupe razem spokrewnionych organizmow (czesto morfologicznie podobnych). Jednak odkrywajac nowy podobny organizm i przyjmujac, ze w ramach roznych rodzin wystepuja roznie duze roznice, nie jestem w stanie z "rangowym" systemem powiedziec czy ten organizm to przedstawiciel juz znanej rodziny, czy przedstawia on inna rodzine. Fajnym przykladem sa nietoperze. Dlaczego rodzaj Icaronycteris nie nalezy do Icaronycteridae, ale do Archaeonycteridae? A czy tu jest naprawde tak duza roznica by Onychonycteris musial nalezec do nowej rodziny Onychonycteridae?Dawid Mazurek pisze:Rangi sÄ bardzo przydatne. SĹyszÄ c "rodzina" mam od razu w gĹowie obraz zmiennoĹci morfologicznej jakiej siÄ mogÄ spodziewaÄ w obrÄbie tej grupy (wspĂłlny plan budowy charakterystyczny dla typu i dalsze daleko idÄ ce specjalizacje, sprawiajÄ ce Ĺźe wszystkie rodzaje z tej grupy sÄ doĹÄ podobne). PĹynne i niejednoznaczne? - Ale dziaĹa! ;)
Znow zacytuje odpowiedz, ktora napisalem Dawidowi:Utahraptor pisze:Wtedy tradycyjny system ma przewagÄ, bo moĹźna siÄ w nim swobodnie poruszaÄ, nawet gdy taksonĂłw jest duĹźo.
Nie zgadzam sie wiec z Toba w tym, ze "tradycyjny system ma przewagÄ, bo moĹźna siÄ w nim swobodnie poruszaÄ". Wg mnie nie mozna... Nie widze w tym logiki. Nomenklatura filogenetyczna ma sporo wzytych wyrazow, ktore czynia nomenklature dokladniejsza (po roznych wyrazach mozna sie orientowac, z czym mamy do czynienia - i nawet czy dana grupa obejmuje istniejace organizmy, czy nie).Daniel Madzia pisze:Wg [...] Bentona (1997), a raczej jego "rangologii", nie tylko ptaki nie sa dinozaurami, ale ani maniraptory nie leza w ramach dinozaurow (nie leza nawet w ramach archozaurow, bo sa na tym samym poziomie); ssaki nie sa synapsydami, ptaki nie sa diapsydami... On sam to ale nie pisze, bo w swojej klasyfikacji uwzglednia filogeneze. Tu jest naprawde przepieknie pokazane, jak "uzyteczne" sa rangi. Niemowiac juz o tym, ze to "wersja" jednego czlowieka. Inni uzywaja innych rangow (o roznych poziomach).
On w pierwszym rzedzie nic nie definiuje. A taksony same nie moga byc definiowane (tylko ich nazwy).Utahraptor pisze:MoĹźliwe, Ĺźe system tradycyjny jest bardziej mÄtny przy definiowaniu taksonĂłw
Nomenklatura filogenetyczna znosi je duzo lepiej. Przy zmianie w systemie bazowanym na rangach musisz sam czachrowac z nazwami i rangami. Definiowane nazwy same sobie szukaja swoich grup. Ty sam nie musisz nic robic (tylko definiowac na podstawie logicznych zasad). Rangi mozesz ignorowac...Utahraptor pisze:ale za to jest plastyczny i cierpliwie znosi wszelkie zmiany.
-
- Moderator
- Posty: 2572
- Rejestracja: 22 października 2007, o 18:29
MoĹźe i definicja jest precyzyjniejsza niĹź ranga, ale jeĹźeli coĹ czytam, piszÄ lub mĂłwiÄ o jakiejĹ grupie organizmĂłw, to dziÄki rangom nie muszÄ szukaÄ drzewa filogenetycznego, albo czytaÄ definicji bym, ja albo sĹuchacze/czytelnicy wiedzieli o jakiej grupie organizmĂłw dokĹadnie mĂłwiÄ itd.Daniel Madzia pisze:Zgadzam sie, ze sama nazwa "Squamata" nic nie mowi o tym, jak obszerna ta grupa jest. To ale nie znaczy, ze juz sam fakt, ze chodzi o definiowana nazwe, nie ma wiekszej wagi niz jakakolwiek ranga!Utahraptor pisze:Dalej jestem zdania, Ĺźe filokod jest wygodny dopĂłki bazujemy na niewielkiej liczbie taksonĂłw. JeĹźeli jest ich duĹźo, potrzebujemy drzewa, Ĺźeby siÄ nie pogubiÄ.
Gdy znajdujesz nowy organizm, to szukasz rodzaju, do ktĂłrego jest najbardziej podobny. JeĹźeli róşnice miÄdzy nim, a innymi rodzajami sÄ zbyt duĹźe, sprawdzasz do ktĂłrej rodziny jest najbardziej podobny. Wtedy tworzysz nowy rodzaj, ktĂłry doĹÄ cza do ktĂłrejĹ z rodzin. JeĹli nie jesteĹ w stanie przypisaÄ go do znanej rodziny, to szukasz w wyĹźszej randze itd. Proste.Daniel Madzia pisze: Jak napisalem Dawidowi:
Nie mam zamiar twierdzic, ze ja wyobrazam sobie pod pojeciem "rodzina" cos innego. Ja wyobrazam sobie stosunkowo niewielka grupe razem spokrewnionych organizmow (czesto morfologicznie podobnych). Jednak odkrywajac nowy podobny organizm i przyjmujac, ze w ramach roznych rodzin wystepuja roznie duze roznice, nie jestem w stanie z "rangowym" systemem powiedziec czy ten organizm to przedstawiciel juz znanej rodziny, czy przedstawia on inna rodzine. Fajnym przykladem sa nietoperze. Dlaczego rodzaj Icaronycteris nie nalezy do Icaronycteridae, ale do Archaeonycteridae? A czy tu jest naprawde tak duza roznica by Onychonycteris musial nalezec do nowej rodziny Onychonycteridae?Dawid Mazurek pisze:Rangi sÄ bardzo przydatne. SĹyszÄ c "rodzina" mam od razu w gĹowie obraz zmiennoĹci morfologicznej jakiej siÄ mogÄ spodziewaÄ w obrÄbie tej grupy (wspĂłlny plan budowy charakterystyczny dla typu i dalsze daleko idÄ ce specjalizacje, sprawiajÄ ce Ĺźe wszystkie rodzaje z tej grupy sÄ doĹÄ podobne). PĹynne i niejednoznaczne? - Ale dziaĹa! ;)
OczywiĹcie klasyfikacja ta jest czysto arbitralna, ale jeĹźeli uzasadnisz nowy takson odpowiednimi argumentami naukowymi, to zostanie on przyjÄty i zaakceptowany. Dziwisz siÄ, Ĺźe tego nietoperza sklasyfikowano w tej rodzinie, a tamtego w innej? SprawdĹş uzasadnienie w odpowiedniej publikacji .
Nie tyle ptaki nie sÄ diapsydami wg. Bentona, co wyewoluowaĹy z nich w nowÄ jakoĹÄ. SÄ na tyle zmienione w porĂłwnaniu do innych diapsydĂłw, Ĺźe wydziela siÄ je z nich. Jest to sztuczne i trochÄ problematyczne, gdy znajdujemy formy poĹrednie, ale wygodne. Dlaczego? Bo nazwa nam wtedy powie wiÄcej o wyglÄ dzie zwierzaka. 1.Diapsyd? - a to ten z Ĺuskami i dwoma otworami w czaszce (tradycyjnie). 2.Diapsyd? - ale chodzi o krokodyla, ptaka, czy şóĹwia, czy jeszcze coĹ innego? (filogenetycznie). Mam na myĹli, to Ĺźe dzielimy organizmy sztucznie, na Ĺatwo odróşnialne zbiory, w ktĂłrych Ĺatwo siÄ poruszaÄ. NaleĹźy dodaÄ, Ĺźe sÄ to zbiory parafiletyczne i monofiletyczne, wiÄc nie powinny kĹuÄ w oczy filogenetykĂłw.Daniel Madzia pisze: Czyli:Znow zacytuje odpowiedz, ktora napisalem Dawidowi:Utahraptor pisze:Wtedy tradycyjny system ma przewagÄ, bo moĹźna siÄ w nim swobodnie poruszaÄ, nawet gdy taksonĂłw jest duĹźo.
Nie zgadzam sie wiec z Toba w tym, ze "tradycyjny system ma przewagÄ, bo moĹźna siÄ w nim swobodnie poruszaÄ". Wg mnie nie mozna... Nie widze w tym logiki. Nomenklatura filogenetyczna ma sporo wzytych wyrazow, ktore czynia nomenklature dokladniejsza (po roznych wyrazach mozna sie orientowac, z czym mamy do czynienia - i nawet czy dana grupa obejmuje istniejace organizmy, czy nie).Daniel Madzia pisze:Wg [...] Bentona (1997), a raczej jego "rangologii", nie tylko ptaki nie sa dinozaurami, ale ani maniraptory nie leza w ramach dinozaurow (nie leza nawet w ramach archozaurow, bo sa na tym samym poziomie); ssaki nie sa synapsydami, ptaki nie sa diapsydami... On sam to ale nie pisze, bo w swojej klasyfikacji uwzglednia filogeneze. Tu jest naprawde przepieknie pokazane, jak "uzyteczne" sa rangi. Niemowiac juz o tym, ze to "wersja" jednego czlowieka. Inni uzywaja innych rangow (o roznych poziomach).
Jak powiedziaĹ Dawid: Czas pokaĹźe.Daniel Madzia pisze:Nomenklatura filogenetyczna znosi je duzo lepiej. Przy zmianie w systemie bazowanym na rangach musisz sam czachrowac z nazwami i rangami. Definiowane nazwy same sobie szukaja swoich grup. Ty sam nie musisz nic robic (tylko definiowac na podstawie logicznych zasad). Rangi mozesz ignorowac...Utahraptor pisze:ale za to jest plastyczny i cierpliwie znosi wszelkie zmiany.
Jeszcze wrĂłÄmy do nowego taksonu. NapisaĹem jak siÄ go klasyfikuje wg. tradycyjnej nomenklatury. Jak to zrobiÄ wg. filokodu? Trzeba metodami kladystycznymi stworzyÄ drzewo. Na podstawie tego drzewa sprawdzasz do jakiego kladu/taksonu jest on siostrzany. ĹÄ czysz je wtedy w nowy klad zawierajÄ cy oba i zaliczasz do kladĂłw, ktĂłre sÄ zawierajÄ w sobie ten nowy. PojawiajÄ siÄ conajmniej 2 problemy.
Obecnie badacze, publikujÄ c nowy rodzaj, dodajÄ od siebie nowÄ nazwÄ kladu, zawierajÄ cy ten nowy i siostrzany klad/rodzaj do niego. Robi siÄ tego za duĹźo. Dobra systematyka to taka, ktĂłra nie jest za bardzo rozroĹniÄta. Dlatego Protista dzielimy na kilka typĂłw, a nie kilkadziesiÄ t.
Gdy mamy wspĂłĹczesny organizm, to mamy dane molekularne, ktĂłre, wĹaĹciwie uĹźyte i zinterpretowane, dajÄ nam wĹaĹciwy obraz filogenezy. Natomiast organizmy kopalne badamy na podstawie danych morfologicznych. ZaleĹźnie od przyjÄtej macierzy danych oraz taksonĂłw uĹźytych w analizie kladystycznej, otrzymamy róşne drzewa. Dlatego jest to nie mniej arbitralne niĹź tradycyjne sposoby. W dodatku wiemy bardzo niewiele o rzeczywistej filogenezie np. gadĂłw. Dlatego nomenklatura przypisana do filogenezy, ktĂłrej nie znamy, albo dopiero poznajemy, jest sztuczna, Ĺźeby nie powiedzieÄ faĹszywa.
Biologia, UW
-
- Kredowy tyranozaur
- Posty: 2300
- Rejestracja: 19 marca 2009, o 20:55
- Imię i nazwisko: Tomasz Skawiński
- Lokalizacja: Wrocław
Czyli to ranga sprawia, Ĺźe mĂłwiÄ c "ptak" masz na myĹli ptaka? Nie chciaĹem siÄ za bardzo wtrÄ caÄ do dyskusji, bo interesujÄ siÄ tym od niedawna i dopiero zaczynam powoli rozumieÄ; na poczÄ tku teĹź nie zgadzaĹem siÄ z zapisem PhyloCode'u zalecajÄ cym niestosowanie rang. Teraz jednak widzÄ, Ĺźe sprawia to same kĹopoty - powoduje, Ĺźe dany takson jest w klasyfikacji "wyrwany z kontekstu", tak jak np. ptaki sÄ oderwane od dinozaurĂłw - i tu siÄ do koĹca nie zgodzÄ z Utahraptorem, Ĺźe sÄ na tyle odmienne od innych diapsydĂłw, Ĺźe moĹźna je z nich wydzieliÄ - bo czemu np. ptakiem miaĹby byÄ Archaeopteryx, a Microraptor pozostaÄ "gadem", choÄ ten drugi jest bardziej "ptasi"?Utahraptor pisze:(...) jeĹźeli coĹ czytam, piszÄ lub mĂłwiÄ o jakiejĹ grupie organizmĂłw, to dziÄki rangom nie muszÄ szukaÄ drzewa filogenetycznego, albo czytaÄ definicji bym, ja albo sĹuchacze/czytelnicy wiedzieli o jakiej grupie organizmĂłw dokĹadnie mĂłwiÄ itd.
PS. Pomijam tu rozbieĹźnoĹci w definicjach nazwy Aves: ja przyjÄ Ĺem tutaj: Aves = < Archaeopteryx lithographica + Passer domesticus
PPS. Sorry, jeĹli piszÄ gĹupoty albo banaĹy
-
- Moderator
- Posty: 2572
- Rejestracja: 22 października 2007, o 18:29
MiĹo, Ĺźe prezentujesz swĂłj poglÄ
d w tej dyskusji
Wszyscy siÄ uczymy, ja siÄ uczÄ od Daniela, on poznaje argumenty przeciw. Podejrzewam, Ĺźe gdyby nie on, nie dowiedziaĹbym siÄ tyle o filokodzie, za co jestem mu wdziÄczny. Nie wiem jeszcze, czy, jeĹli zostanÄ naukowcem, bÄdÄ uĹźywaĹ tej nomenklatury, czy tamtej. WaĹźne by znaÄ wady i zalety obu.
Taksony w tradycyjnej klasyfikacji nie sÄ wyrwane z kontekstu. Po prostu jest podziaĹ na systematykÄ i filogenezÄ. Pierwsze to narzÄdzie, drugie to dziedzina nauki (moim zdaniem). NarzÄdzie powinno byÄ proste, Ĺatwe w uĹźyciu i uniwersalne. SystematykÄ wykorzystuje siÄ we wszystkich dziedzinach biologii, dlatego dobrze, Ĺźeby kaĹźdy biolog mĂłgĹ jej swobodnie uĹźywaÄ, bez czasochĹonnego zagĹÄbiania siÄ w niÄ . Filogenetyka jest bardzo zĹoĹźona, wiÄc systematyka odzwierciedlajÄ ca filogenezÄ byĹaby bardzo skomplikowana. Ĺatwiej jest podzieliÄ arbitralnie organizmy na kilka Ĺatwo odróşnialnych grup niĹź na kolejne ciÄ gi kladogenezy. Granice i tak bÄdÄ sztuczne, dokĹadnej filogenezy nie znamy.
Wszyscy siÄ uczymy, ja siÄ uczÄ od Daniela, on poznaje argumenty przeciw. Podejrzewam, Ĺźe gdyby nie on, nie dowiedziaĹbym siÄ tyle o filokodzie, za co jestem mu wdziÄczny. Nie wiem jeszcze, czy, jeĹli zostanÄ naukowcem, bÄdÄ uĹźywaĹ tej nomenklatury, czy tamtej. WaĹźne by znaÄ wady i zalety obu.
Taksony w tradycyjnej klasyfikacji nie sÄ wyrwane z kontekstu. Po prostu jest podziaĹ na systematykÄ i filogenezÄ. Pierwsze to narzÄdzie, drugie to dziedzina nauki (moim zdaniem). NarzÄdzie powinno byÄ proste, Ĺatwe w uĹźyciu i uniwersalne. SystematykÄ wykorzystuje siÄ we wszystkich dziedzinach biologii, dlatego dobrze, Ĺźeby kaĹźdy biolog mĂłgĹ jej swobodnie uĹźywaÄ, bez czasochĹonnego zagĹÄbiania siÄ w niÄ . Filogenetyka jest bardzo zĹoĹźona, wiÄc systematyka odzwierciedlajÄ ca filogenezÄ byĹaby bardzo skomplikowana. Ĺatwiej jest podzieliÄ arbitralnie organizmy na kilka Ĺatwo odróşnialnych grup niĹź na kolejne ciÄ gi kladogenezy. Granice i tak bÄdÄ sztuczne, dokĹadnej filogenezy nie znamy.
Biologia, UW
- Daniel Madzia
- Jurajski allozaur
- Posty: 1609
- Rejestracja: 15 marca 2006, o 12:39
- Lokalizacja: Třinec, Česká republika
- Kontakt:
Nie, FiloKod nie zaleca niestosowanie rangow. On je tylko nie wymaga. Zob. Note 3.1.2.Ag.Ent pisze:na poczÄ tku teĹź nie zgadzaĹem siÄ z zapisem PhyloCode'u zalecajÄ cym niestosowanie rang.
Zgoda.Utahraptor pisze:NarzÄdzie powinno byÄ proste, Ĺatwe w uĹźyciu i uniwersalne. SystematykÄ wykorzystuje siÄ we wszystkich dziedzinach biologii, dlatego dobrze, Ĺźeby kaĹźdy biolog mĂłgĹ jej swobodnie uĹźywaÄ, bez czasochĹonnego zagĹÄbiania siÄ w niÄ .
A nie jest. ;) Tylko zeby to stwierdzic, trzeba o tym poczytac. ;) Mysle, ze najbardziej komplikowany jest poczatek. Trzeba to sobie po prostu poukladac w glowie.Utahraptor pisze:Filogenetyka jest bardzo zĹoĹźona, wiÄc systematyka odzwierciedlajÄ ca filogenezÄ byĹaby bardzo skomplikowana.
Granice [zasiegu nazw w ramach nomenklatury filogenetycznej] sa tak dokladne, jak tylko moga byc. Nikt oczywiscie nie jest w stanie absolutnie dokladnie stwierdzic zasieg poszczegolnych nazw, na podstawie definicji ale jestesmy w stanie "czytac" z kladogramow. ;) Z systemem opartym na rangach to nie jest mozliwe. On tego nie potrafi, bo w jego ramach nazwy nie maja zasieg.Utahraptor pisze:Granice i tak bÄdÄ sztuczne, dokĹadnej filogenezy nie znamy