Myślę, że to temat wart omówienia, więc zamieszczam tutaj.
Proszę się nie czepiać, że wyjaśnienia będą uproszczone (i nawet fałszywe, bo pewnie z przedstawionej macierzy wcale nie wynikną przedstawione kladogramy)
![Smile :)](./images/smilies/icon_smile.gif)
Skąd się biorą kladogramy:
Weźmy za przykład ceratopsy. Ustalamy listę cech, którymi różnią się gatunki. Np. cecha 1 - długość rogów nadocznych: krótkie (stan 0) albo długie (stan 1); cecha 2 - okna w kryzie: są (stan 0) albo brak (stan 1); cecha 3 - kość łuskowa: krótka (0) albo długa (1), cecha 4 - różki na kryzie: podobnej wielkości (0), zróżnicowanej wielkości (1). Przypisujemy każdemu gatunkowi wartość (rogi krótkie/długie). Powstaje w ten sposób macierz z danymi, np. przy ww. cechach:
Zuniceratops 10??
Triceratops 1110
Chasmosaurus 0010
Albertaceratops 1001
Centrosaurus 0001
Standardowo takich cech jest kilkaset a gatunków dziesiątki. Nam wystarczy te 5 gatunków x 4 cechy (liczba danych: 20, w tym dwa nieznane).
Specjalne programy obliczają najbardziej prawdopodobny przebieg ewolucji. Zasadniczo jest to wersja z najmniejszą liczbą zmian. Np. przejście z rogów długich na krótkie (1->0) raczej wystąpi raz a nie dwa razy (no ale ewolucja chodzi krętymi ścieżkami, bo w przykładzie akurat jest dwa razy).
Z powyższych danych wyniknie kladogram taki jaki znamy, czyli:
Zuniceratops(Triceratops+Chasmosaurus)(Albertaceratops+Centrosaurus)
Ktoś inny może stwierdzić, że cecha 4 jest źle wpisana u Chasmosaurus, bo różki się różnią wielkością u niego. Zmiana jednej cechy u jednego gatunku spowoduje, że program obliczy, że zróżnicowanej wielkości różki łączą Chasmosaurus, Albertaceratops i Centrosaurus:
Zuniceratops(Triceratops(Chasmosaurus(Albertaceratops+Centrosaurus)))
Podobnie zmiana długości rogów u Chasmosaurus - można mu wpisać 0 i 1 jednocześnie.
Później się może okazać, że odnaleziono różki na kryzie Zuniceratops, więc ze stanu nieznanego (?) wpiszemy np. 0.
Można cechy i gatunki dodawać, usuwać czy zmieniać. Np. cechę 4 rozbić na kilka cech: różek 1 duży/mały, różek 2 duży/mały itd. Albo dodać kolejny stan: brak różków.
Każda taka zmiana może spowodować, że kladogram będzie inny.
Do tego dochodzą też różne sposoby obliczania kladogramów. Te same dane analizowane w inny sposób mogą dać inny wynik. Np. cecha 1 dotycząca długości rogów może w jednej technice być istotna a w innej mniej istotna.