Wpływ wymierania K/Pg na wiroidy

Jeśli masz jakiś problem lub pytanie związane z paleontologią, tutaj znajdziesz pomoc.
rys. http://www.lonelydinosaur.com/
Piotr B.
Karboński antrakozaur
Karboński antrakozaur
Posty: 372
Rejestracja: 15 listopada 2008, o 18:02
Lokalizacja: Częstochowa

Wpływ wymierania K/Pg na wiroidy

Post autor: Piotr B. »

Temat wydzielony z http://forum.dinozaury.com/viewtopic.ph ... 747#p65747
(dodałem kursywę przy wypowiedziach o pochodzeniu ptaków - MZ)


kryty_niekrytyczny pisze:Tak przy okazji, czy tekst Bajdek, 2019 (Rethinking Ecology 4, 89–101) opiera się na czymś więcej, niż na "komputerowej kladystyce"?
Cieszy mnie zainteresowanie moją krótką pracką. Trzeba tu powiedzieć dwie rzeczy:

(1) Różnica pomiędzy analizą materiału genetycznego, a analizą zerojedynkowej macierzy opartej o subiektywnie wybrane cechy szkieletowe powinna być dla każdego dość oczywista. Temat rzeka. Oczywiście podobne cechy morfologiczne mogą być zakodowane innymi genami - konwergencja.

(2) Wiroidy są najprostszymi znanymi "formami życia". W ich przypadku nie dysponujemy niczym poza bardzo krótkim łańcuchem niekodującego RNA. Gdby wiroidy chociaż posiadały jakiś kapsyd o jakiejś strukturze, podobnie jak wirusy, możliwości badania ich filogenezy znacznie by się powiększyły.

Co natomiast powiedzieć o ptakach i dinozaurach? W porównaniu z wiroidami, możliwości badania przebiegu ich ewolucji są niewyobrażalnie wielkie.

Awatar użytkownika
kryty_niekrytyczny
Triasowy silezaur
Triasowy silezaur
Posty: 870
Rejestracja: 4 czerwca 2018, o 14:29
Lokalizacja: PL

Re: Wpływ wymierania K/Pg na wiroidy

Post autor: kryty_niekrytyczny »

Czyli NIE?
Co do samej pracy, jak dywergencje mogą stanowić proxy do wymierań? Nie ogarniam...
Piotr B. pisze:Co natomiast powiedzieć o ptakach i dinozaurach? W porównaniu z wiroidami, możliwości badania przebiegu ich ewolucji są niewyobrażalnie wielkie.
To pewnie dlatego z tak wielu obszarów płynie potwierdzenie, że ptaki to dinozaury...

Piotr B.
Karboński antrakozaur
Karboński antrakozaur
Posty: 372
Rejestracja: 15 listopada 2008, o 18:02
Lokalizacja: Częstochowa

Re: Wpływ wymierania K/Pg na wiroidy

Post autor: Piotr B. »

kryty_niekrytyczny pisze:Co do samej pracy, jak dywergencje mogą stanowić proxy do wymierań? Nie ogarniam...
Jak zwykle piszesz skrótem myślowym. Jedynie można zgadywać, o co Ci chodzi i czego tak konkretnie nie ogarniasz.

Ja nigdzie w pracy nie napisałem, że dwergencje wiroidów stanowią proxy do ich wymierań. Owszem, można się spodziewać, że wraz w masowym wymieraniem infekowanych roślin pod koniec kredy, doszło do wymarcia jakichś linii wiroidów, co jest całkiem możliwe. W pracy nie mierzę jednak wymierania wiroidów, a wręcz przeciwnie zaznaczam, że jest to przy tej metodologii niemożliwe:
It should be noted that speciation rates inferred from extant species data are underestimated because the phylogenetic trees are obtained by suppressing all extinct lineages (Stadler 2011). For the same reason, the methodology applied herein cannot estimate the extinction rates.
Tym co sugeruję w pracy jest coś innego, a mianowicie związek zjawisk takich jak masowe wymieranie lub radiacja adaptatywna infektowaych przez wiroidy roślin, jak również być może relacji ekologicznych pomiędzy tymi roślinami, a wektorami (takimi jak owady), które wiroidy przenoszą, właśnie z dywergencją wiroidów. Patrz np.:
Nevertheless, this study shows that relative divergence rates of Pospiviroidae varied between geologic epochs. These differences may reflect paleoecologic changes and particularly events concerning the biodiversity of infected angiosperm plants or possibly interactions of plants with vectors (such as insects) transmitting plant viruses and viroids.
It appears that a collapse of food chains (the lack of appropriate vectors transmitting pathogens) and a mass extinction of species (the paucity and isolation of infected hosts) may severely impact viral and subviral pathogens resulting in a decrease of their divergence rates.
Nie sądzę by tego rodzaju związek pomiędzy zjawiskami dotykającymi żywicieli patogenów, a historią tychże patogenów, był trudną koncepcją. Recenzenci to ogarnęli bez trudu.

Nikt przede mną nie pokazywał wpływu masowego wymierania, takiego jak to z końca kredy, na wirusy lub jeszcze od nich prostsze wiroidy. Pokazuję takie bardzo wstępne dane jako pierwszy.

Inny wątek tej pracy związany jest z moim wydatowaniem wiroidów na wczesną kredę. Wraz z faktem, że wiroidy infekują tylko okrytonasienne, ogólnie słabo przystaje to do znanej wirusologom hipotezy, że wiroidy stanowią relikt z hipotetycznego świata RNA sprzed 4 miliardów lat. Także moja pracka ma też znaczenie dla tematu początków życia, choć to umieściłem już na drugim planie i trochę rozwinąłem pod namową recenzentów, bo uznali za również istotne.

Awatar użytkownika
kryty_niekrytyczny
Triasowy silezaur
Triasowy silezaur
Posty: 870
Rejestracja: 4 czerwca 2018, o 14:29
Lokalizacja: PL

Re: Wpływ wymierania K/Pg na wiroidy

Post autor: kryty_niekrytyczny »

Piotr B. pisze:W pracy nie mierzę jednak wymierania wiroidów,
Użyłem skrótu myślowego :-) , ale w takim razie - co mierzysz? Jeśli przyjmiemy, że divergence rates, to: nie można oszacować tego tempa dysponując tylko dzisiejszym materiałem genetycznym. Może we wczesnej kredzie (3 wydarzenia wg Ciebie) było ich o wiele więcej, w związku z rozwojem kwiatowych, ale większość linii nie przetrwała do dziś, więc i nie trafiła do baz danych z sekwencjami? Pomijam już inne problemy związane z ewolucją molekularną wiroidów i doborem sekwencji.
Piotr B. pisze:Inny wątek tej pracy związany jest z moim wydatowaniem wiroidów na wczesną kredę. Wraz z faktem, że wiroidy infekują tylko okrytonasienne, ogólnie słabo przystaje to do znanej wirusologom hipotezy, że wiroidy stanowią relikt z hipotetycznego świata RNA sprzed 4 miliardów lat.
Przecież co najwyżej wydatowałeś crown, a nie total - group.

Piotr B.
Karboński antrakozaur
Karboński antrakozaur
Posty: 372
Rejestracja: 15 listopada 2008, o 18:02
Lokalizacja: Częstochowa

Re: Wpływ wymierania K/Pg na wiroidy

Post autor: Piotr B. »

kryty_niekrytyczny pisze:
Piotr B. pisze:W pracy nie mierzę jednak wymierania wiroidów,
Użyłem skrótu myślowego :-) , ale w takim razie - co mierzysz? Jeśli przyjmiemy, że divergence rates, to: nie można oszacować tego tempa dysponując tylko dzisiejszym materiałem genetycznym. Może we wczesnej kredzie (3 wydarzenia wg Ciebie) było ich o wiele więcej, w związku z rozwojem kwiatowych, ale większość linii nie przetrwała do dziś, więc i nie trafiła do baz danych z sekwencjami? Pomijam już inne problemy związane z ewolucją molekularną wiroidów i doborem sekwencji.
O problemach wynikających z możliwych ślepych linii ewolucyjnych wiroidów wspomniałem w pracy, jak już wspominam w poście powyżej. W pracy poświęciłem nawet osobny rozdział temu, by wymienić część problemów dotykających badanie ewolucji molekularnej wiroidów.

W pracy nie napisałem, że coś mierzę, tylko napisałem, że szacuję - patrz np.:
I also estimate the divergence rates of Pospiviroidae throughout the Cretaceous and the Paleogene.
The time-calibrated phylogenetic tree (Fig. 2) was used to estimate the divergence rates of Pospiviroidae in different epochs of the Cretaceous and the Paleogene periods.
Gdyby wiroidy pozostawiały po sobie skamieniałości, ale nie pozostawiają, ich zapis kopalnych byłby bardzo niekompletny i nierównodajny. Dawny materiał genetyczny tymczasem nie istnieje. Zrobiłem to, co jest możliwe zrobić, czyli zbadałem dzisiejszy materiał genetyczny.

Myślę, że moje wyniki najłatwiej będzie przetestować stosując zbliżoną metodologię przy badaniu innych pagotenów subwiralnych i wirusów:
but results obtained in this study are preliminary and require a thorough testing in future research. As viroids constitute a small group, the study of divergence rates of viruses would provide an important control.
kryty_niekrytyczny pisze:
Piotr B. pisze:Inny wątek tej pracy związany jest z moim wydatowaniem wiroidów na wczesną kredę. Wraz z faktem, że wiroidy infekują tylko okrytonasienne, ogólnie słabo przystaje to do znanej wirusologom hipotezy, że wiroidy stanowią relikt z hipotetycznego świata RNA sprzed 4 miliardów lat.
Przecież co najwyżej wydatowałeś crown, a nie total - group.
Nie napisałem, że odrzucam tę hipotezę. Dołownie napisałem, że moje wyniki "do not support", czyli "nie wspierają" tej hipotezy:
However, the Early Cretaceous origin of viroids inferred from molecular dating in this study and their close association with angiosperm plants do not support the hypothesis of viroids as relics from the primordial RNA world.
Owszem, te (i inne wspomniane fakty) nie dają żadnego wsparcia dla tej hipotezy. Wręcz przeciwnie, przy obecnym bogactwie świata żywego, wydaje mi się podejrzane, że wiroidy, które hipotetycznie miałyby istnieć od ok. 4 mld lat, infekują wyłącznie jedną malutką i tak bardzo młodą ewolucyjnie grupę, jaką są rośliny okrytonasienne. W mojej pracy nie wykluczam jednak, że jest to kwestia opróbkowania:
However, members of the family Avsunviroidae are not capable of replication without resorting to a host despite their ribozymatic activity (Rao and Kalantidis 2015). They are solely known to infect angiosperms (an evolutionarily young group) and unknown to replicate in chloroplasts of other eukaryotes. On the other hand, viroids are usually described from cultivated plants, such as fruit trees, vegetables, and ornamental plants, whereas pathogens of most plant groups seem poorly studied.

Awatar użytkownika
kryty_niekrytyczny
Triasowy silezaur
Triasowy silezaur
Posty: 870
Rejestracja: 4 czerwca 2018, o 14:29
Lokalizacja: PL

Re: Wpływ wymierania K/Pg na wiroidy

Post autor: kryty_niekrytyczny »

To że wspomniałeś, to za mało - brak zapisu kopalnego uniemożliwia oszacowanie tempa dywergencji. To powinno być jasno napisane. "Divergence rates of subviral pathogens of angiosperms abruptly decreased at the Cretaceous-Paleogene boundary" - Divergence rates cannot be estimated. The rest is guessing.

Ta sama metodologia stosowana do innych patogenów nie ma możliwości przetestowania Twoich hipotez.

Nie odrzucasz hipotezy o dawności wiroidów. Nie testujesz jej. W ogóle Twoje dane nie mają nic do powiedzenia na ten temat. Badałeś tylko crown.


————
Piotr B. pisze:(1) Moje wyniki wskazują na związek radiacji wiroidów[...]
Twoja praca nie mówi nic o radiacji wiroidów. Może było ich tysiąc linii w permie? Badałeś tylko crown group minus potencjalne linie wymarłe.

Piotr B.
Karboński antrakozaur
Karboński antrakozaur
Posty: 372
Rejestracja: 15 listopada 2008, o 18:02
Lokalizacja: Częstochowa

Re: Wpływ wymierania K/Pg na wiroidy

Post autor: Piotr B. »

kryty_niekrytyczny pisze:
Piotr B. pisze:(1) Moje wyniki wskazują na związek radiacji wiroidów[...]
Twoja praca nie mówi nic o radiacji wiroidów. Może było ich tysiąc linii w permie? Badałeś tylko crown group minus potencjalne linie wymarłe.
W mojej pracy jest przecież napisane, że mowa o crown-group viroids (patrz Results). Jest także napisane, że badanie nie uwzględnia linii wymarłych. Nie napisałeś tu jeszcze niczego, co by w mojej pracy nie zostało zawarte.

Przeprawadziłem innowacyjną analizę, jakiej przede mną nikt nie próbował przerowadzić. Nie zapomiałem przy tym zawrzeć w tekście informacji, gdzie kryją się jej metodologiczne ograniczenia. Te owszem istnieją, ale uzyskane wyniki nie są problematyczne - pokazuję po protu relację pomiędzy patogenami, a żywicielami.

Mogę być z takiej pracy zadowolonym...


————

(1) Moje wyniki wskazują na związek radiacji wiroidów ze zjawiskami radiacj lub wymierania infektowanych przez nie roślin. To jest prosta relacja gospodarz-pasożyt tylko, że tym razem zbadana na poziomie subwiralnych patogenów.

Moje badanie można powtórzyć na np. wirusach i zobaczyć np., czy zachodziła jakaś koewolucja pomiędzy nimi, a infekowanymi organizmami. Wyniki tego rodzaju, które otrzymałem, nie wydają mi się w czymkolwiek dziwne.

(2) Moje wyniki pokazują również, że crown-group viroids wyewoluowały wkrótce po pojawieniu się infekowanych przez nie roślin okrytonasiennych. Zgadza się to z tym, że nie znamy żadnego wiroidu, który by infekował nie-okrytonasienne.

Podsumowując (1) i (2), moje wyniki wskazują na ścisły związek wszystkich znanych wiroidów z okrytonasiennymi. Moje wyniki potwierdzają, że brakuje powodów by myśleć, że wiroidy istniały przed kredą. Nigdzie nie napisałem, że falsyfikuję taką możliwość (choć to teoretycznie da się zrobić rozszerzając badaną grupę o RNA satelitarne, jak można wywnioskować z Introduction).

Awatar użytkownika
kryty_niekrytyczny
Triasowy silezaur
Triasowy silezaur
Posty: 870
Rejestracja: 4 czerwca 2018, o 14:29
Lokalizacja: PL

Re: Wpływ wymierania K/Pg na wiroidy

Post autor: kryty_niekrytyczny »

Skoro badałeś tylko trwające do dziś linie i zdawałeś sobie sprawę z tego, że Twoje dane nie mówią nic o dywergencjach w liniach wymarłych, skąd pomysł, że tempo dywergencji zmieniało się tak, a nie inaczej?

Piotr B.
Karboński antrakozaur
Karboński antrakozaur
Posty: 372
Rejestracja: 15 listopada 2008, o 18:02
Lokalizacja: Częstochowa

Re: Wpływ wymierania K/Pg na wiroidy

Post autor: Piotr B. »

kryty_niekrytyczny pisze:Skoro badałeś tylko trwające do dziś linie i zdawałeś sobie sprawę z tego, że Twoje dane nie mówią nic o dywergencjach w liniach wymarłych, skąd pomysł, że tempo dywergencji zmieniało się tak, a nie inaczej?
Badałem to, co się da zbadać. Nauka opiera się na analizie wyłącznie tych danych, które są w danej chwili dostępne, a nie na analzie tych danych, których nie ma i ciężko je zdobyć. W przyszłości mogą się pojawić nowe dane, które potwierdzą lub obalą moje wyniki. To są wyniki wstępne, jak zaznaczyłem w Conclusions i jest dla każdego oczywiste.

Z uwagi na niewielką liczbę sekwencji (znanych jest niewiele wiroidów) oraz właśnie z uwagi brak sekwencji linii wymarłych (być może to by po części rozwiązało odkrycie endogennych wiroidów - tych nie znamy), moje wyniki są "uśrednione". Jak bardzo są odchylone od stanu faktycznego - czas pokaże.

Na chwilę obecną dostrzegam korelację z upowszechnieniem się okrytonasiennych we wczesnej kredzie, oraz korelację z wymieraniem na przełomie K/Pg i odbudową po tym wymieraniu. Tym samym nie wydaje mi się, by to były wyniki totalnie "od czapy".

Najlepszym analogiem, jaki mogę znaleźć, są wirusy. Tych jest o wiele więcej i stąd podsunąłem we wnioskach sugestię, by również na nich przetestować moją metodę. Jeśli moje wyniki są poprawne, można spodziewać się zbliżonych rezultatów przy badaniach zmian tempa dywergencji również wirusów, w postaci jakieś korelacji z masowymi wymieraniami ich żywicieli. Patogeny powinny dotykać te same zjawiska biotyczne, które dotykają ich żywicieli. O ile jest to dla epidemiologów oczywiste, za bardzo nikt tego nie badał w skali czasu geologicznego.

ODPOWIEDZ