Forum Dinozaury.com

Forum Dinozaury.com

z nami przeniesiesz się w czasie...
 
Teraz jest 16 października 2019, o 18:48

Strefa czasowa: UTC + 1




Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 7 ] 
Autor Wiadomość
 Tytuł: Filogenetyka molekularna Mastodonta i T-rexa
PostNapisane: 26 kwietnia 2008, o 20:34 
Offline
Moderator
Moderator

Dołączył(a): 22 października 2007, o 18:29
Posty: 2385
Coś z ostatniego Science. Wyniki nie są zaskakujące, ale metody badań dosyć nowatorskie jak na paleobiologię.

Cytuj:
Molecular Phylogenetics of Mastodon and Tyrannosaurus rex
Chris L. Organ,1,2 Mary H. Schweitzer,3,4 Wenxia Zheng,3 Lisa M. Freimark,5 Lewis C. Cantley,5,6 John M. Asara5,6*

We report a molecular phylogeny for a nonavian dinosaur, extending our knowledge of trait evolution within nonavian dinosaurs into the macromolecular level of biological organization. Fragments of collagen {alpha}1(I) and {alpha}2(I) proteins extracted from fossil bones of Tyrannosaurus rex and Mammut americanum (mastodon) were analyzed with a variety of phylogenetic methods. Despite missing sequence data, the mastodon groups with elephant and the T. rex groups with birds, consistent with predictions based on genetic and morphological data for mastodon and on morphological data for T. rex. Our findings suggest that molecular data from long-extinct organisms may have the potential for resolving relationships at critical areas in the vertebrate evolutionary tree that have, so far, been phylogenetically intractable.

1 Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA.
2 Museum of Comparative Zoology, Cambridge, MA 02138, USA.
3 North Carolina State University, Raleigh, NC 27695, USA.
4 North Carolina Museum of Natural Sciences, Raleigh, NC 27601, USA.
5 Beth Israel Deaconess Medical Center, Boston, MA 02115, USA.
6 Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA.

* To whom correspondence should be addressed. E-mail: jasara@bidmc.harvard.edu

Protein sequences from bone-derived collagen as old as 68 million years have been detected by using mass spectrometry (1, 2). A BLAST search of the resulting peptide sequences found the highest similarities between the collagen peptides obtained from extracts of Tyrannosaurus rex fossil bone and those of birds (Gallus gallus) and between mastodon (Mammut americanum) and other mammals, including elephant (Loxodonta africana). We performed phylogenetic analyses to infer the evolutionary relationships of the T. rex [Museum of the Rockies (MOR) 1125] and mastodon (MOR 605). The results extend our knowledge of trait evolution within nonavian dinosaurs into the macromolecular level of biological organization.

We used 21 extant organisms in the analyses. Collagen {alpha}1(I) and {alpha}2(I) protein sequences from 19 extant organisms (3) were obtained from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) and ENSEMBL databases. Collagen {alpha}1(I) and {alpha}2(I) peptide sequences from a metacarpal of Alligator mississippiensis were obtained by microcapillary liquid chromatography tandem mass spectrometry (LC/MS/MS) with an ion trap mass spectrometer using the Sequest algorithm (1, 2) and the Paragon algorithm (4). Ostrich collagen sequences were determined elsewhere (1, 2). Sequences from alligator (Crocodilia) and ostrich (Aves) represent 63% and 43% of the full-length collagen {alpha}1(I) protein available for other organisms, respectively. The collagen {alpha}1(I) and {alpha}2(I) sequences for elephant (L. africana), tenrec (Echinops telfairi), and green anole (Anolis carolinensis) were obtained by using gene translations from online databases (5).

Bayesian, likelihood, parsimony, and distance methods were used to generate evolutionary trees (6). In the Bayesian analysis, the posterior distribution of trees reconstructed all extant groups in generally agreed-upon relationships (the posterior probability of clades ranged from 0.80 to 1.00), with the exception of green anole (A. carolinensis), which is inferred here to lie at the base of amniotes instead of grouping as the sister taxon to alligator and birds (archosaurs) (Fig. 1). LC/MS/MS from tryptic digests produces fragmentary protein sequence data; however, we found unequivocal support (posterior probability of 1.00) uniting mastodon with elephant as members of Elephantinae, which together group with tenrec (E. telfairi) as members of the mammalian group Afrotheria (7). Maximum likelihood produces the same groupings, although with less support (approximate likelihood ratio test; aLRT = 0.855 for Elephantinae and 0.872 for Afrotheria). Maximum parsimony analysis also groups mastodon, elephant, and tenrec together (fig. S1, B to D). For the T. rex sample, we used five peptide sequences from collagen {alpha}1(I) and one from collagen {alpha}2(I) (1, 2, 8) for a total of 89 amino acids (Fig. 1). The T. rex clusters within the Archosauria (posterior probability of 0.92), more closely related to birds (chicken and ostrich, 0.9) than alligator, although a lack of informative sites in the ostrich and T. rex leaves Dinosauria unresolved. The likelihood tree is identical to the Bayesian tree, except for higher support at these locations in the tree (aLRT = 0.969 for Archosauria and 0.907 for Dinosauria). Branch lengths (expected rates of change per site) indicate a relatively stable and uniform rate of evolution, lacking evidence for a deviation from a molecular clock. Maximum parsimony analysis also groups the T. rex with the chicken and ostrich, although bootstrap support is low (fig. S1, B to D). Neighbor joining groups the T. rex with the birds, but miscalculates the branching order and misplaces alligator, mastodon, and several extant organisms (fig. S1, B to D).


Figure 1 Fig. 1. Inferred evolutionary relationships of major vertebrate groups hypothesized from collagen {alpha}1(I) and {alpha}2 (I) protein data by using a Bayesian approach. The node (bifurcation) labels are measures of support, which indicate the proportion of trees in the posterior distribution to containing the node. Branch lengths are in expected changes per site. [View Larger Version of this Image (48K GIF file)]


The slight disagreement between the distance results compared with the Bayesian, likelihood, and parsimony results (all three of which are concordant) are predictable given that distance methods perform poorly for taxa with large amounts of missing data (9). Nevertheless, there is congruence between three out of the four methods for the mastodon and four out of four methods for the T. rex despite the problem of missing sequence data. The recovered sequences contain informative phylogenetic signal consistent with predictions based on genetic and morphological data for mastodon (10, 11) and on morphological data for T. rex (12, 13).

These results support the endogenous origin of the preserved collagen molecules and confirm the prediction based on morphology that, if biomolecules could be retrieved from a nonavian dinosaur, they would share a higher degree of similarity with birds than with other extant vertebrates. Our findings suggest that molecular data from long-extinct organisms may have the potential for resolving relationships at critical areas of the vertebrate evolutionary tree that have, so far, been intractable. The findings presented here also bolster the use of morphology in phylogenetics because our results are consistent with studies on the evolutionary relationships of fossil forms that rely on morphology (12, 13).
:)

_________________
Biologia, UW


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł:
PostNapisane: 2 maja 2008, o 15:32 
Offline
Ordowicki bezszczękowiec
Ordowicki bezszczękowiec
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 10 kwietnia 2006, o 14:09
Posty: 95
Lokalizacja: ?ĹĄwinouj??cie
Jakoś nie bardzo rozumiem-może ktoś przetłumaczy kawałek?

_________________
Jestem pradawnÄ? samicÄ? Nanosaurusa. Uwielbiam to forum!
Zawsze uciekam, kiedy kto?? mnie chce atakowaÄ?!
Obrazek


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł:
PostNapisane: 2 maja 2008, o 15:45 
Offline
Prekambryjski stromatolit
Prekambryjski stromatolit

Dołączył(a): 27 kwietnia 2008, o 18:55
Posty: 24
Lokalizacja: Bielsko-Biała
proszę przetłumaczony tekst ---->Molekularny Phylogenetics od Mastodont i Tyrannosaurus rex Krzyżmo L. Organ,1,2 Maria H. Wenxia Lisa M. Freimark,5 Lewice C. Cantley,5,6 Typowy Anglik M. Asara5,6* My sprawozdanie pewien molekularny filogenia pod kątem pewien nonavian dinozaur , rozsuwalny nasz wiedza od rys rozwój rezygnować nonavian dinozaury w ten macromolecular wypoziomować od biologiczny zrzeszenie. Fragmenty od collage { alfa Š1I)() i { alfa Š2I)() białka wyciągany z skamieniałość kość od Tyrannosaurus rex i Mama Amerykanin ( mastodont ) byliśmy zanalizowany rezygnować pewien rozmaitość od phylogenetic metody. Wysłać chybianie sekwencje dane , ten mastodont grupy rezygnować słoń i ten T. rex grupy rezygnować ptaki , zgodny z przepowiednie oparty u genetyka i morfologiczny dane pod kątem mastodont i u morfologiczny dane dlatego. rex. Nasz wyniki przeprowadzonych badań zasugerować ów molekularny dane z długi - wygasły organizmy maj mieć ten potencjalny pod kątem rozwiązujący związki przy ogromnej wagi dzielnice w ten kręgowiec ewolucyjny drzewo ów mieć , jak dotąd , był phylogenetically krnąbrny. 1 Harvard Uniwersytet , Cambridge , MAMA 02138, USA. 2 Muzeum od Porównawczy Zoologia , Cambridge , MAMA 02138, USA. 3 Północ Dotyczący dynastii karolińskiej Wyrażać Uniwersytet Raleigh , STEROWANIE NUMERATYCZNE 27695, USA. 4 Północ Dotyczący dynastii karolińskiej Muzeum od Nauki przyrodnicze Raleigh , STEROWANIE NUMERATYCZNE 27601, USA. 5 Dom modlitwy Izrael Diakonisa Medyczny Ośrodek , Boston , MAMA 02115, USA. 6 Harvard Medyczny Szkoła , Boston , MAMA 02115, USA. * Wobec kto zgodność powinien być zaadresowany. przesłać wiadomość pocztą elektroniczną jasara@bidmc.harvard.edu Białko kolejność z kość - pochodny collage równie stary równie 68 milion lata zostały wykryte przy przy pomocy masa spektrometr (1, 2). PEWIEN SILNY PODMUCH WIATRU zrewidować od ten wynikający trawienny kolejność ufundować ten najwyższy podobieństwa pomiędzy ten collage trawienny otrzymany z dodatek od Tyrannosaurus rex skamieniałość kość i ów od ptaki ( otarcie skóry otarcie skóry ) i pomiędzy mastodont ( mama Amerykanin ) i inny ssaki , wliczając w to słoń Loxodonta Afrykanin ). My spełniony phylogenetic analizy wobec wnioskować ten ewolucyjny związki od ten T. rex [ Muzeum od ten Najbardziej skalisty MOR ) 1125] i mastodont MOR 605). Ten wyniki rozciągać się nasz wiedza od rys rozwój rezygnować nonavian dinozaury w ten macromolecular wypoziomować od biologiczny zrzeszenie. My używany 21 istniejący organizmy w ten analizy. Collage { alfa Š1I)() i { alfa Š2I)() białko kolejność z 19 istniejący organizmy (3) byliśmy otrzymany z Narodowy Ośrodek pod kątem Biotechnologia Informacja NCBI ) i OPIECZĘTOWAĆ bazy danych. Collage { alfa Š1I)() i { alfa Š2I)() trawienny kolejność z pewien metacarpal od Aligator mississippiensis byliśmy otrzymany przy microcapillary płynny chromatography tandem masa spektrometr LC MS MS ) rezygnować an jon pułapka masa spektrometr przy pomocy ten Oddzielać algorytm (1, 2) i ten Wzór algorytm (4). Struś collage kolejność byliśmy zdecydowany gdzie indziej (1, 2). Kolejność z aligator ( krokodyl ) i struś Aves ) przedstawiać 63% i 43% od ten pełny - długość collage { alfa Š1I)() białko ważny do inny organizmy , poszczególnie. Ten collage { alfa Š1I)() i { alfa Š2I)() kolejność pod kątem słoń L. Afrykanin tenrec Echinops telfairi ), i zieleń anole Anolis carolinensis ) byliśmy otrzymany przy przy pomocy gen przekłady z online bazy danych (5). Bayesian , prawdopodobieństwo , oszczędność , i rezerwa metody byliśmy używany do wytwarzać ewolucyjny drzewa (6). W ten Bayesian analiza , ten późniejszy repartycja od drzewa przebudowany wszystko istniejący grupy w zwykle uzgodniony - na związki ( ten późniejszy prawdopodobieństwo od ubrany uszeregowany z 0.80 wobec 1.00), z wyjątkiem zieleń anole ( pewien. carolinensis ), który jest wywnioskował tutaj wobec leżeć przy ten opierać się od amniotes zamiast czegoś grupowanie się równie ten siostra taxon wobec aligator i ptaki archosaurs ) ( figa. 1). LC MS MS z Trypucie zbiory produkuje fragmentaryczny białko sekwencje dane ; jednakże , my ufundować niedwuznaczny poprzeć ( późniejszy prawdopodobieństwo od 1.00) jednoczący mastodont rezygnować słoń równie członki od Słoniowy , który razem koncern rezygnować tenrec E. telfairi ) równie członki od ten ssak koncern Afrotheria (7). Maksimum prawdopodobieństwo produkuje ten sam grupowanie się , chociaż rezygnować najemca poprzeć ( zbliżony prawdopodobieństwo oszacowanie test aLRT = 0.855 pod kątem Słoniowy i 0.872 pod kątem Afrotheria ). Maksimum oszczędność analiza także grupy mastodont , słoń , i tenrec razem ( figa. B jak dotychczas ). Pod kątem ten T. rex próbka , my używany pięć trawienny kolejność z collage { alfa Š1I)() i jeden z collage { alfa Š2I)() (1, 2, Zimno pod kątem w sumie 89 amino kwasy ( figa. 1). Ten T. rex grona rezygnować ten Archosauria ( późniejszy prawdopodobieństwo od 0.92), liczniejszy ściśle pokrewny wobec ptaki ( kurczę i struś , 0.9) niż aligator , chociaż pewien brak od informacyjny tereny w ten struś i T. rex liście Dinozaur nierozpuszczony. Ten prawdopodobieństwo drzewo jest identyczny do Bayesian drzewo , z wyjątkiem wyższa oferta poprzeć przy tych rozmieszczenia w ten drzewo aLRT = 0.969 pod kątem Archosauria i 0.907 pod kątem Dinozaur ). Gałąź długości ( oczekiwany szacuje od zmieniać na umiejscowienie ) wskazywać pewien relatywnie stajnia i jednolity ustalona cena od rozwój , nadskakujący świadczyć pod kątem pewien odchylenie z pewien molekularny zegar. Maksimum oszczędność analiza także grupy ten T. rex rezygnować ten kurczę i struś , chociaż ładowanie początkowe poprzeć jest niski ( figa. B jak dotychczas ). Sąsiad łączący grupy ten T. rex rezygnować ten ptaki , oprócz przeliczyć się ten odgałęzianie się klasa i źle ulokował aligator , mastodont , i osobisty istniejący organizmy ( figa. B jak dotychczas ). Obliczać 1 Figa. 1. Wywnioskował ewolucyjny związki od większy kręgowiec grupy hipoteza z collage { alfa Š1I)() i { alfa Š2) ( ja ) białko dane przy przy pomocy pewien Bayesian zbliżyć się. Ten wierzchołek ( rozwidlanie się ) kartki jesteście miary od poprzeć , który wskazywać ten stosunek od drzewa w ten późniejszy repartycja wobec zawieranie ten wierzchołek. Gałąź długości jesteście w oczekiwany zmiany na umiejscowienie. [ Widok Większy Wersja od ten Wyobrażenie o osobie GIF umieścić w teczce z dokumentami )^) Ten drobny niezgodność pomiędzy ten rezerwa wyniki towarzystwa rezygnować ten Bayesian , prawdopodobieństwo , i oszczędność wyniki ( wszystko trzy od który jesteście zgodny ) jesteście do przewidzenia ustalony ów rezerwa metody wypełniać ubogo pod kątem taxa rezygnować duży suma od chybianie dane (9). Mimo wszystko , tu jest zgodność pomiędzy trzy z ten cztery metody pod kątem ten mastodont i cztery z cztery metody pod kątem ten T. rex wysłać ten problem od chybianie sekwencje dane. Ten odzyskany kolejność nawiązywać kontakt informacyjny phylogenetic sygnał zgodny z przepowiednie oparty u genetyka i morfologiczny dane pod kątem mastodont (10, 11) i u morfologiczny dane dlatego. rex (12, 13). Tych wyniki poprzeć ten endogeniczny początek od ten utrzymany collage molekuły i umocnić ten przepowiednia oparty u morfologia ów , jeśli biomolecules kulisy być odzyskany z pewien nonavian dinozaur , oni byłby udział pewien wyższa oferta stopień od podobieństwo rezygnować ptaki niż rezygnować inny istniejący kręgowce. Nasz wyniki przeprowadzonych badań zasugerować ów molekularny dane z długi - wygasły organizmy maj mieć ten potencjalny pod kątem rozwiązujący związki przy ogromnej wagi dzielnice od ten kręgowiec ewolucyjny drzewo ów mieć , jak dotąd , był krnąbrny. Ten wyniki przeprowadzonych badań prezenter tutaj także wałek tapicerski ten używać od morfologia w phylogenetics ponieważ nasz wyniki jesteście zgodny z studia od ewolucyjny związki od skamieniałość formy ów polegać na morfologia (12, 13).


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł:
PostNapisane: 2 maja 2008, o 15:59 
Offline
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 15 marca 2006, o 12:39
Posty: 1606
Lokalizacja: Třinec, Česká republika
jarek18bb napisał(a):
proszę przetłumaczony tekst ---->


Doskonaly dowod na to, jak translatory gwalca jezyk... :roll:

Ale to jest fajne:

Oryginal:
Cytuj:
Mammut americanum


Tlumaczenie:
Cytuj:
Mama Amerykanin
:)

_________________
Wild Prehistory


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł:
PostNapisane: 3 maja 2008, o 16:43 
Offline
Moderator
Moderator

Dołączył(a): 22 października 2007, o 18:29
Posty: 2385
Ale da się zrozumieć, zresztą komu by się chciało tłumaczyć taki długi tekst na potrzeby kilku nieanglojęzycznych użytkowników tego forum. Trzeba mieć, albo dużo czasu, albo translator...

_________________
Biologia, UW


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł:
PostNapisane: 3 maja 2008, o 16:47 
Offline
Ordowicki bezszczękowiec
Ordowicki bezszczękowiec
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 9 stycznia 2007, o 18:52
Posty: 71
Lokalizacja: Zawichost
Ale mamy dużo młodych użytkowników i przez to mamy nie do końca przetłumaczone teksty, bo sami widzicie jak translatory tłumaczą. Proponuję, np takie coś, że jak ktoś by mógł to niech robi takie krótkie streszczenie po Polsku...

_________________
Obrazek xD


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł:
PostNapisane: 12 czerwca 2008, o 21:38 
Offline
Kambryjski trylobit
Kambryjski trylobit

Dołączył(a): 22 maja 2008, o 16:52
Posty: 31
Lokalizacja: KrakĂłw
Trochę spóźniony post, ale może coś wyjaśni młodszym użytkownikom.
Ok. 5 lat temu w formacji Hell Creek w Montanie znaleziono potężny udziec Tyranozaura. Jedna wersja mówi, że przełamano go przez przypadek, inna, że celowo, żeby przetransportować go w helikopterze.
Ku zdumieniu badaczy okazało się, że w środku znajdowały się tkanki miękkie, które zidentyfikowano jako fragmenty kolagenu (żeby to potwierdzić użyto spektometrii masowej) i jakieś resztki naczyń krwionośnych.
PoniewaĹź białka są złoĹźone z aminokwasĂłw moĹźna je sekwencjonować, analogicznie jak DNA, tylko na trochę wyĹźszym poziomie. W ten sposĂłb porĂłwnuje się budowę takiego białka, sprawdzając, czy wszystkie ‘cegiełki’ aminokwasowe są u róşnych zwierząt takie same, czy inne, a jeśli róşnią się to jak bardzo. Tym właśnie zajmuje się między innymi filogenetyka molekularna. W tym przypadku szukano zwierzęcia u ktĂłrego kolagen jest najbardziej podobny do kolagenu Tyranozaura.
Do badań porównawczych wybrano m.in. kurę, żabę, traszkę, pstrąga, danio, płaszczkę, szczura, mysz, szympansa, rezusa, człowieka, oposa, iguanę, psa, słonia, strusia, aligatora i kretojeża. Ich sekwencje aminokwasowe kolagenu porównano z sekwencjami mamuta i T.rexa.
Korzystano ze standardowych baz danych używanych na potrzeby biologii molekularnej: ENSEMBL (http://www.ensembl.org/index.html) i NCBI, do porównania sekwencji używano BLASTA http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi - tak więc nie wykorzystano specjalnie nowatorskich metod, ale powszechnie używane triki w proteomice. Nowatorskie jest raczej pochodzenie materiału. Że znaleziono tak stare białko i w tak dobrej jakości.
Wyniki nie poraziły, bo mamut okazał się najbliższy słoniowi, a T.rex ptakom, ale badacze musieli mieć frajdę z przesekwencjonowania tak starych białek 8) . No i z publikacji w Science.


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
Wyświetl posty nie starsze niż:  Sortuj wg  
Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 7 ] 

Strefa czasowa: UTC + 1


Kto przegląda forum

Użytkownicy przeglądający ten dział: Brak zidentyfikowanych użytkowników i 2 gości


Nie możesz rozpoczynać nowych wątków
Nie możesz odpowiadać w wątkach
Nie możesz edytować swoich postów
Nie możesz usuwać swoich postów
Nie możesz dodawać załączników

Szukaj:
Skocz do:  
cron
Copyright © 2005-2013 Dinozaury.com! - z nami przeniesiesz się w czasie...
Powered by phpBBphpBB Group
Template made by DEVPPL/ThatBigForum
Przyjazne użytkownikom polskie wsparcie phpBB3 - phpBB3.PL