Forum Dinozaury.com

Forum Dinozaury.com

z nami przeniesiesz się w czasie...
 
Teraz jest 15 listopada 2018, o 11:00

Strefa czasowa: UTC + 1




Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 5 ] 
Autor Wiadomość
 Tytuł: Zmiana Kryptops w macierzy Tortosa i in., 2013
PostNapisane: 19 grudnia 2013, o 09:57 
Offline
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 24 czerwca 2006, o 14:51
Posty: 1636
Lokalizacja: Wisła
Imię i nazwisko: Krzysztof Stuchlik
Macierzą z ostatniej publikacji (Tortosa i in., 2013) pobawiłem się trochę tj. naprawiłem błąd autorów polegający na uwzględnieniu materiału pozaczaszkowego Kryptops. Poprawa tego i odpalenie TNT z ustawieniami takimi jak użyli Tortosa i in. wpłynęło na zmianę wyniku analizy (np. Raholisaurus nie jest majungazaurynem ale brachyrostrem):
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... n..2C_2013 (BTW, niezmodyfikowana wersja wygenerowała więcej drzew niż podali autorzy).



Raholisaurus

hehe a już zmieniłem u siebie na Majungasaurinae, możesz szepnąc troszkę wiecej na ten temat? Tu albo na priv gdzie chcesz :)

Temat wydzielony z viewtopic.php?f=88&p=55107#p55107

_________________
"nie wystarczy być dobrym graczem, trzeba jeszcze dobrze grać"
-----------------------------------------------------
http://img291.imageshack.us/img291/7815/userbar5ws.png


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: ED - uwagi ogólne
PostNapisane: 19 grudnia 2013, o 16:22 
Offline
Moderator
Moderator
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 3 grudnia 2007, o 19:51
Posty: 6267
Lokalizacja: Wielkopolska
Imię i nazwisko: Maciej Ziegler
Hmm, a co jeszcze chciałbyś wiedzieć?

_________________
Obrazek
[Stamp: Apsaravis] [Avatar: P. Weimer, CC BY-NC-SA 2.0]


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: ED - uwagi ogólne
PostNapisane: 19 grudnia 2013, o 20:58 
Offline
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 24 czerwca 2006, o 14:51
Posty: 1636
Lokalizacja: Wisła
Imię i nazwisko: Krzysztof Stuchlik
Cytuj:
Macierzą z ostatniej publikacji (Tortosa i in., 2013) pobawiłem się trochę tj. naprawiłem błąd autorów polegający na uwzględnieniu materiału pozaczaszkowego Kryptops. Poprawa tego i odpalenie TNT z ustawieniami takimi jak użyli Tortosa i in. wpłynęło na zmianę wyniku analizy (np. Raholisaurus nie jest majungazaurynem ale brachyrostrem):
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... n..2C_2013 (BTW, niezmodyfikowana wersja wygenerowała więcej drzew niż podali autorzy).
I tutaj powstaje pytanie - czy i na ile uwzględniać wynik zmodyfikowanej analizy w opisach w ED? Kiedyś ustaliliśmy, że wpisujemy w systematyce (tabelka) tylko to co opublikowano w pracach naukowych (choć w tekście można wspomnieć o danych niepublikowanych): viewtopic.php?f=6&t=2489


Chodzi mi o dokładniejsze wytłumaczenie doszedłeś do takiego wniosku , że tam był błąd. :D
Rozumiem , że odpowiedź pośrednio jest w tym co napisałeś, ale chodzi mi bardziej oto pytanie w stylu "jak to działa" a konkretniej to- "Poprawa tego i odpalenie TNT z ustawieniami takimi jak użyli Tortosa i in. wpłynęło na zmianę wyniku analizy".

Z góry dzięki :)

_________________
"nie wystarczy być dobrym graczem, trzeba jeszcze dobrze grać"
-----------------------------------------------------
http://img291.imageshack.us/img291/7815/userbar5ws.png


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: ED - uwagi ogólne
PostNapisane: 19 grudnia 2013, o 21:56 
Offline
Moderator
Moderator
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 3 grudnia 2007, o 19:51
Posty: 6267
Lokalizacja: Wielkopolska
Imię i nazwisko: Maciej Ziegler
Danu napisał(a):
Chodzi mi o dokładniejsze wytłumaczenie doszedłeś do takiego wniosku , że tam był błąd. :D

kiedyś czytając artykuł o kryptopsie w APP nasunęło mi się, że holotypowy materiał pozaczaszkowy wcale nie należy do abelizauryda, ale tetanura (przeczytaj i zobacz na ilustracje w APP). Swoje wnioskownie wpisałem w opise kryptopsa (wersja opisu z 2011 r.): http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... oldid=1808
Wpadło na to wiele więcej osób - pierwsi opublikowali to Carrano i in. 2012, później Cau (online 2012), Novas i in., 2013 (w Brusatte 2012 "Dinosaur Paleobiology" ryc. 2.19 nie jest już podpisana jako Kryptops)... powoli się zabierałem do publikacji rewizji kryptopsa, ale ubiegli mnie Carrano i in. 2012 :P . Pewnie inne osoby też na to wpadły, ale nie wiemy tego (tak jak np. prawie nikt nie wie, że ja to wymyśliłem, wiele osób nie wie też zapewne, że Cau, co ciekawe jego niepublikowane analizy nie wskazywały, że to karcharodontozauryd, ale dużo bardziej bazalny karnozaur).
Aż dziw, że Sereno i Brusatte (2008) wzięli te szczątki za abelizauryda - no cóż pomyłki zdarzają się najlepszym. :wink:
Samo sprawdzenie macierzy Tortosy i in. 2013, jej poprawa przez zmianę cech zakodowanych na nieznane i odpalenie analizy to już banał (oczywiście Cau też na to wpadł - sprawdzanie takich rzeczy to raczej standard).

Danu napisał(a):
Rozumiem , że odpowiedź pośrednio jest w tym co napisałeś, ale chodzi mi bardziej oto pytanie w stylu "jak to działa" a konkretniej to- "Poprawa tego i odpalenie TNT z ustawieniami takimi jak użyli Tortosa i in. wpłynęło na zmianę wyniku analizy".

raczej jest bezpośrednio, tam gdzie opisałem to co zrobiłem tj. w podpsie: http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... n..2C_2013
(aha tym "Strict consensus of ... " w grafikacj to się kierujcie, bo po prostu zostały z innych wyników - poprawne dane są w podpisie kladogramów).

"jak to działa"? Co mam odpowiedzieć :) ... działa normalnie, jak oparte na parsymonii numeryczne analizy filogenetyczne robione przez programy w stylu TNT, PAUP itp.. Jak to konkretnie wyglądało, to jest w ww. linku - macierzy samemu nie chciało mi się klecić, więc poprosiłem Cau o przesłanie gotowca (tego nie wpisywałem :P ) w formacie .tnt, poprawiłem kodowanie kryptopsa (oczywiście wcześniej w celu powtórzenia oryginalnej analizy zapuściłem analizę bez modyfikacji), odpaliłem macierz w TNT z ustawieniami jakich użyli Tortosa i in. i tyle, reszta to grzebanie w programie (popatrzałem też jakie synapomorfie jakie klady wspierają i wpisałem je do artykułów, w większości pokrywają się z podanymi przez Tortosę i in., ale oczywiście nie dla Abelisauridae, np. nie ma z oczywistych względów żadnej cechy, która byłaby synapomorfią Brachyrostra w każdym z drzew). Obsługa samego TNT jest w miarę prosta i działa szybko, nie to co PAUP. Co do zmiany wyniku, to dość oczywiste, że skasowanie danych wpłynie na wynik (tym bardziej potencjalnie konfliktowych jak takson w tak znacznym stopniu chimeryczny, tj. z tak dużą ilością cech zupełnie innego, daleko spokrewnionego taksonu, który nie należy do analizowanej grupy tj. Ceratosauria; drzewka poprawionej analizy mają nieco mniejszą długość [744] w wersji zawierającej wszystkie taksony, niż pierwotna [753]).
Mam nadzieję, że odpowiedziałem na pytanie (nie rozumiem zbytnio o co Ci chodzi, procedurę wpisałem tam gdzie trzeba, OK, nie podałem CI, RI, róznych supportów, bo już mi się nie chciało a na użytek ED nie wydaje mi się to konieczne)

_________________
Obrazek
[Stamp: Apsaravis] [Avatar: P. Weimer, CC BY-NC-SA 2.0]


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: ED - uwagi ogólne
PostNapisane: 19 grudnia 2013, o 22:22 
Offline
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 24 czerwca 2006, o 14:51
Posty: 1636
Lokalizacja: Wisła
Imię i nazwisko: Krzysztof Stuchlik
Ok to już wystarczające :) Co do programów to tak z innej beczki szukam jakiegoś do 3D pożadnego , bo bawie się w GDI a programem wyliczenia byłyby bez porównania szybsze :D

_________________
"nie wystarczy być dobrym graczem, trzeba jeszcze dobrze grać"
-----------------------------------------------------
http://img291.imageshack.us/img291/7815/userbar5ws.png


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
Wyświetl posty nie starsze niż:  Sortuj wg  
Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 5 ] 

Strefa czasowa: UTC + 1


Kto przegląda forum

Użytkownicy przeglądający ten dział: Brak zidentyfikowanych użytkowników i 2 gości


Nie możesz rozpoczynać nowych wątków
Nie możesz odpowiadać w wątkach
Nie możesz edytować swoich postów
Nie możesz usuwać swoich postów
Nie możesz dodawać załączników

Szukaj:
Skocz do:  
cron
Copyright © 2005-2013 Dinozaury.com! - z nami przeniesiesz się w czasie...
Powered by phpBBphpBB Group
Template made by DEVPPL/ThatBigForum
Przyjazne użytkownikom polskie wsparcie phpBB3 - phpBB3.PL