Utahraptor pisze:nazuul pisze:Ja myślałem, że bierzemy wszystkie dane pod uwagę.
To nie dane, tylko wynik. Nie bierzemy wszystkich interpretacji pod uwagę, tylko te wiodące. To tak jakby w systematyce skafonyksa pisać dinozaur/rynchozaur, bo kiedyś komuś wyszło, że to dinozaur. Poza tym w tekście jest to wytłumaczone. ;)
Skafonyks to co innego, bo jak rozumiem hipoteza została odrzucona dawno i z przytłaczającą ilością danych. Natomiast wędrowanie taksonu po kladogramach (mniejsza o to, czy inną metodą czy w innej macierzy) to właśnie hipotezy wiodące.
W innym opisie Avialae zostałoby to uwzględnione w systematyce (uwzględnione byłbyby także wyniki niewiodące), w tym nie jest, bo tworzysz opisy nieco inaczej niż powszechnie przyjęte w ED. Por. np. Shanag w ED
Utahraptor pisze:nazuul pisze:To uznajmy, że to analiza bazalnych (niepygostylowych) Paraves.
Dlaczego niepygostylowych? Dlaczego późnokredowy ptak ma być mniej informatywny niż późnokredowy troodontyd?
Tylko opisuję czego dotyczy analiza w Godefroit i in. - określiłbym ją właśnie jako analiza bazalnych (niepygostylowych) Paraves.
Autorzy ją określili tak "largest phylogenetic analysis of
basal Paraves so far constructed" (art.) i "novel phylogenetic analysis of Coelurosauria that is focussed on
basal Paraves. (...) Since the aim of this study focused on basal Paraves, a subset of taxa from the master set of
358 was chosen as the ingroup for this analysis. We selected 101 theropod OTUs including
all paravians considered close to the deinonychosaurian-avialan divergence in previous
studies2-6, 9, 10, 12, 18-20, 23, a large sample of non-paravian coelurosaurs and four basal noncoelurosaurian
theropods as outgroups (Dilophosaurus, Dubreuillosaurus, Monolophosaurus,
and Sinraptor). The included OTUs were selected based on: 1) degree of completeness; 2)
presence of unique character state combinations; 3) probable basal placement based on
previous phylogenetic studies close the root of the main lineages, or a combination of these
factors." (suplement)
Utahraptor pisze:nazuul pisze:Nie chce mi się na nowo usuwać taksonów bezcelowo.
To nie jest "ciekawy eksperyment", tylko niepotrzebna zabawa w nieuzasadnione usuwanie danych
To nie jest nieuzasadnione. Dotykamy fundamentalnej kwestii doboru danych.
Moim zdaniem jest nieuzasadnione, z powodów, które przedstawiłem wyżej.
Nie tak powinna wyglądać ocena analizy filogenetycznej, lecz tak:
http://archosaur.us/theropoddatabase/Ev ... alyses.htm
http://theropoddatabase.blogspot.com/search?q=peters
Do tego m.in.: wskazanie nietrafnego sformułowania cech i zaproponowanie lepszego (np. nie stan 1: stosunek długości >0,8 stan 2: stosunek długości <0,8 ale np. 0,75, albo rozbicie na więcej stanów/continous), dodanie cech uznanych za istotne, usunięcie nieinformatywnych, ale też to o czym piszesz, ale gruntownie przeanalizowane i uzasadnione, metody statystyczne, albo np. coś takiego "takson A jest bazalny do B+(C+D), ale taka pozycja nie współgra ze stratygrafią, a jeśli go przesunąć w inne miejsce, blisko D, wydłużając drzewo o 2 kroki, stratygrafia jest OK, zwłaszcza że cechy te wydają się podatne bardzo na homoplazję, bo ... zatem uznaję, że bardziej prawdopodobna jest pozycja bliższa D, którego od A dzieli mało czasu, choć nie jest to ściśle parsymoniczna pozycja...), itp., itd...
To co proponujesz jest tak ogólne, miałkie, arbitralne i a priori (np. "Przy analizie jurajskich form nie powinien używać późnokredowych form, które dzieli duży dystans ewolucyjny"), że to nie jest żadna krytyka.
W ogóle to po co my dyskutujemy - napisz do Cau, że jego analiza jest kiepska i dlaczego - zobaczymy, co Ci odpowie.
(atomizacja cech ogólnie - tak to jest problem analiz filgenetycznych)
Utahraptor pisze:nazuul pisze:Utahraptor pisze:Pozostał też problem ilości cech. Wiara, że w całym organizmie zachowała się informacja filogenetyczna i że atomizacja cech pomoże, jest dla mnie niezrozumiała.
Tak samo można powiedzieć, że wiara w to, że niektóre cechy są bardziej informatywne jest nieuzasadniona.
Oczywiście, że jest uzasadniona. Twój kolor włosów ma takie samo filogenetyczne znaczenie co obecność wątroby?
z obserwacji współcześnie żyjących form wiemy, że pierwsza cecha jest mało informatywna w szerokim kontekście (np. filogeneza kręgówców), ale w wąskim (pokrewieństwo mnie z kilkonastoma osobami) jest, druga odwrotnie. W przypadku skamieniałości np. bazalnych Paraves po prostu nie wiemy, co może być bardziej informatywne a co mniej.