Forum Dinozaury.com

Forum Dinozaury.com

z nami przeniesiesz się w czasie...
 
Teraz jest 18 listopada 2018, o 18:01

Strefa czasowa: UTC + 1




Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 24 ] 
Autor Wiadomość
 Tytuł: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 14 kwietnia 2013, o 14:41 
Eosinopteryx to monotypowy rodzaj małego (ok. 30 cm) teropoda z grupy Paraves, znany z osadów formacji Tiaojishan (środkowa - późna jura) okolic Yaolugou w rejonie Jianchang (Chiny, zachód prowincji Liaoning). Nazwę rodzajową jedynego znanego gatunku, Eosinopteryx brevipenna, można przetłumaczyć jako "wczesne chińskie pióro", a epitet gatunkowy "krótkopióry" odnosi się do jego zredukowanego opierzenia. Poza tą ciekawą cechą, Eosinopteryx posiadał krótki pysk i ogon, silnie zredukowane szewrony na końcu ogona i charakterystycznie zbudowane - kość łzową, kość biodrową i paliczki stóp. Jedyny znany okaz, YFGP-T5197, to kompletny szkielet z zachowanym upierzeniem, lecz bez lotek i sterówek. Biorąc pod uwagę wymienione cechy osteologiczne, a także kolejne - jak skrócone kończyny przednie i słabo zakrzywione pazury stóp - autorzy opisu tego dinozaura doszli do wniosku, że zredukowane upierzenie to nie artefakt tafonomiczny - więc byłoby to zwierzę nielotne, w odróżnieniu od swoich bliskich krewnych, którymi według przeprowadzonej analizy filogenetycznej, mieliby być Anchiornis i Xiaotingia. Choć te trzy taksony uznano w oryginalnym opisie za bazalne troodony, należy pamiętać, że filogeneza Paraves nie jest jeszcze stabilna.

Klasyfikacja (za Godefroit i inni, 2013):
Theropoda Marsh, 1881
Maniraptora Gauthier, 1986
Troodontidae Gilmore, 1924
Eosinopteryx brevipenna

Godefroit P., Demuynck H., Dyke G., Hu D., Escuillié F., Claeys P. 2013. Reduced plumage and flight ability of a new Jurassic paravian theropod from China. Nature Communications. http://dx.doi.org/10.1038/ncomms2389

Obrazek
Obrazek


Góra
  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 14 kwietnia 2013, o 22:07 
Offline
Moderator
Moderator
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 3 grudnia 2007, o 19:51
Posty: 6268
Lokalizacja: Wielkopolska
Imię i nazwisko: Maciej Ziegler
Co do meritum to nie mam uwag (choć zamiast "troodony" lepiej dać bardziej jednoznaczne [Troodon, Troodontinae] troodontydy czy troodontowate), mogłeś jednak wykorzystać gotowego newsa (http://www.dinozaury.com/2013/01/23/eos ... revipenna/) i wypada podać źródło i autora obrazka, no i jeszcze standardowa tabelka :wink:

_________________
Obrazek
[Stamp: Apsaravis] [Avatar: P. Weimer, CC BY-NC-SA 2.0]


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 13 stycznia 2014, o 20:04 
Offline
Moderator
Moderator
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 3 grudnia 2007, o 19:51
Posty: 6268
Lokalizacja: Wielkopolska
Imię i nazwisko: Maciej Ziegler
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... ldid=10203

Fajnie, że się wziąłeś za aktualizowanie wg tej pracy.
Zob. jednak kladogram z "re-weighting performed using the 'implied weight' option in TNT."

oksford ma wg nowej tabeli trochę inne wartości.

Lepszy obrazek: http://pilsator.deviantart.com/art/Earl ... -354829394

_________________
Obrazek
[Stamp: Apsaravis] [Avatar: P. Weimer, CC BY-NC-SA 2.0]


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 13 stycznia 2014, o 23:11 
Offline
Moderator
Moderator

Dołączył(a): 22 października 2007, o 18:29
Posty: 2312
Dzięki za sugestie, wartości są przybliżone (zaokrąglone).

_________________
UCL, Wielka Brytania


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 13 stycznia 2014, o 23:29 
Offline
Moderator
Moderator
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 3 grudnia 2007, o 19:51
Posty: 6268
Lokalizacja: Wielkopolska
Imię i nazwisko: Maciej Ziegler
No tak, mogłem się tego spodziewać. ;)

W międzyczasie zmieniłem nieco opis, ale skasowałeś moje zmiany:
1) czemu nie Avialae? (jak napisałem wyżej "Zob. jednak kladogram z "re-weighting performed using the 'implied weight' option in TNT."")
2) Kategoria:Paraves incertae sedis raczej do niego pasuje, skoro może być u podstawy: Paraves, Troodontidae, Avialae
3) czemu mnie dopisaleś do autorów?

zdjęcie z Godefroita i in. niestety trzeba usunąć, zaś grafiki na lic. CC oznaczać trzeba tak: http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... ldid=11995
(konkretną stronę, z której pochodzi rysunek, należy też raczej podać w haśle, nie stronę artysty)
(jest to licencja, którą widać na stronie rysunku, na dole po prawej - zawsze trzeba wpisywać tą konkretnie podaną, bo jest ich trochę, choć na deviancie jest chyba głównie/wyłącznie ta...)

_________________
Obrazek
[Stamp: Apsaravis] [Avatar: P. Weimer, CC BY-NC-SA 2.0]


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 14 stycznia 2014, o 00:31 
Offline
Moderator
Moderator

Dołączył(a): 22 października 2007, o 18:29
Posty: 2312
Wybacz, skasowało się przez przypadek. Avialae bym na razie nie wpisywał, bo to dopiero jeden wynik z wielu, choć zrobiony lepszą metodą (moim zdaniem). Do autorów Ciebie nie dopisywałem.
Zdjęcie bym zostawił, bo bez tego trudno wytłumaczyć czytelnikowi na czym polegało zredukowane opierzenie (prawo cytatu?).
Dzięki za informację i poprawę licencji, właśnie nie wiedziałem, gdzie ją znaleźć na stronie :)

_________________
UCL, Wielka Brytania


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 14 stycznia 2014, o 17:22 
Offline
Moderator
Moderator
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 3 grudnia 2007, o 19:51
Posty: 6268
Lokalizacja: Wielkopolska
Imię i nazwisko: Maciej Ziegler
Utahraptor napisał(a):
Wybacz, skasowało się przez przypadek. Avialae bym na razie nie wpisywał, bo to dopiero jeden wynik z wielu, choć zrobiony lepszą metodą (moim zdaniem). Do autorów Ciebie nie dopisywałem.

dopisałeś, ale widocznie nieświadomie - zapewne włączyłeś edycję, później ja zmieniłem tekst, zmieniłeś swoje, nie zwracając uwagi na dodatkowe zmiany (tj. kasację moich). :)
Avialae - jeden z wieku, ale Troodontidae to też jest jedno z wielu (choć inna macierz, nie metoda), i to zapewne mniej wiarygodne (druga analiza, oparta na macierzy Cau wydaje się obecnie najlepszą hipotezą, bo zawiera wszystkie cechy i taksony obecne we wcześniejszych analizach).

_________________
Obrazek
[Stamp: Apsaravis] [Avatar: P. Weimer, CC BY-NC-SA 2.0]


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 14 stycznia 2014, o 18:44 
Offline
Moderator
Moderator

Dołączył(a): 22 października 2007, o 18:29
Posty: 2312
Czekaj, jako ptak wyszedł w macierzy Cau chyba tylko w jednej z prób (metodą implied weighting w TNT). W pozostałych jako bazalny Paraves.
Macierz Cau jest moim zdaniem zupełnie niewiarygodna. Dużo cech to dużo niepotrzebnego szumu. Taksony też powinien uważniej dobierać. Przy analizie jurajskich form nie powinien używać późnokredowych form, które dzieli duży dystans ewolucyjny - to dodatkowo zaburza jego wyniki.

_________________
UCL, Wielka Brytania


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 14 stycznia 2014, o 19:44 
Offline
Moderator
Moderator
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 3 grudnia 2007, o 19:51
Posty: 6268
Lokalizacja: Wielkopolska
Imię i nazwisko: Maciej Ziegler
Utahraptor napisał(a):
Czekaj, jako ptak wyszedł w macierzy Cau chyba tylko w jednej z prób (metodą implied weighting w TNT). W pozostałych jako bazalny Paraves.

Tak, ale czy to znaczy, że mamy ten wynik ignorować?

Utahraptor napisał(a):
Macierz Cau jest moim zdaniem zupełnie niewiarygodna. Dużo cech to dużo niepotrzebnego szumu. Taksony też powinien uważniej dobierać. Przy analizie jurajskich form nie powinien używać późnokredowych form, które dzieli duży dystans ewolucyjny - to dodatkowo zaburza jego wyniki.

Zaburza? A może raczej skoro analiza ma dać wiarygodny wynik, to powinna poza wczesnymi i w domyśle plezjomorficznymi i bazalnymi taksonami uwzględniać formy późne i w domyśle zaawansowane a także pośrednie.
Usunąłem z analizy późnokredowe (EDIT: przez pomyłkę Khaan został) i wynik jest podobny do oryginału (ustawienia: 30000 drzew a pamięci, Traditional search, Wagner trees: 100 repl., collapse trees after search, pozostałe domyślne). Wynik to pojedyncze drzewo. Co się zmieniło z nas interesującego: Troodontidae i Dromaeosauridae znów siostrzane, Haplocheirus u podstawy Ornithomimosauria. Ciekawostka uzasadniająca powyższe moje twierdzenie: taksony zaliczane do Tyrannosauroidea difiletyczne (Yutyrannus bardziej bazalny), ale jeśli przywrócić Tyrannosaurus, Yutyrannus wraca do swojego miejsca.
Co do ilości cech, to już kiedyś dyskutowaliśmy, jak widać nadal myślisz, że co za dużo to niezdrowo a ja nadal myślę, że ilość cech nie jest wyznacznikiem jakości analizy.
Niżej dałem też drzewo bez taksonów kredowych (zostawiłem jednak Nqwebsaurus)


Załączniki:
Godefroit i in. bez późnokredowych.PNG
Godefroit i in. bez późnokredowych.PNG [ 29.9 KiB | Przeglądane 4919 razy ]
Godefroit i in. bez kredowych.PNG
Godefroit i in. bez kredowych.PNG [ 8.35 KiB | Przeglądane 4918 razy ]

_________________
Obrazek
[Stamp: Apsaravis] [Avatar: P. Weimer, CC BY-NC-SA 2.0]
Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 16 stycznia 2014, o 17:20 
Offline
Moderator
Moderator

Dołączył(a): 22 października 2007, o 18:29
Posty: 2312
nazuul napisał(a):
Utahraptor napisał(a):
Czekaj, jako ptak wyszedł w macierzy Cau chyba tylko w jednej z prób (metodą implied weighting w TNT). W pozostałych jako bazalny Paraves.

Tak, ale czy to znaczy, że mamy ten wynik ignorować?

Nie chodzi o ignorowanie, tylko o przejrzystość. Jeżeli wynik będzie się powtarzał w kolejnych publikacjach, to się go doda. Na razie zaczekajmy. Opis na tym nie ucierpi.

nazuul napisał(a):
Zaburza? A może raczej skoro analiza ma dać wiarygodny wynik, to powinna poza wczesnymi i w domyśle plezjomorficznymi i bazalnymi taksonami uwzględniać formy późne i w domyśle zaawansowane a także pośrednie.

To zależy od sytuacji. Jeżeli chcemy badać filogenezę wszystkich teropodów, albo pojedynczych rodzin, to się bierze wszystkie taksony. Natomiast jeśli się zastanawiamy nad pokrewieństwami jurajskich form (w tym wypadku praptaków), to formy kredowe nam tylko przeszkadzają. Zwiększają ryzyko rewersji i konwergencji, różnicują jeszcze bardziej dystanse ewolucyjne, przez co jeszcze trudniej je między sobą porównać.

nazuul napisał(a):
Usunąłem z analizy późnokredowe (EDIT: przez pomyłkę Khaan został) i wynik jest podobny do oryginału (ustawienia: 30000 drzew a pamięci, Traditional search, Wagner trees: 100 repl., collapse trees after search, pozostałe domyślne). Wynik to pojedyncze drzewo. Co się zmieniło z nas interesującego: Troodontidae i Dromaeosauridae znów siostrzane, Haplocheirus u podstawy Ornithomimosauria. Ciekawostka uzasadniająca powyższe moje twierdzenie: taksony zaliczane do Tyrannosauroidea difiletyczne (Yutyrannus bardziej bazalny), ale jeśli przywrócić Tyrannosaurus, Yutyrannus wraca do swojego miejsca.
Co do ilości cech, to już kiedyś dyskutowaliśmy, jak widać nadal myślisz, że co za dużo to niezdrowo a ja nadal myślę, że ilość cech nie jest wyznacznikiem jakości analizy.
Niżej dałem też drzewo bez taksonów kredowych (zostawiłem jednak Nqwebsaurus)

Ciekawy eksperyment. Uruchom jeszcze "New technology search" i "implied weighting", ustaw wartość k na 3. Zobaczymy co się stanie. Nie rozwiąże to wszystkich problemów, bo jura jest słabo opróbkowana. Pozostał też problem ilości cech. Wiara, że w całym organizmie zachowała się informacja filogenetyczna i że atomizacja cech pomoże, jest dla mnie niezrozumiała.

_________________
UCL, Wielka Brytania


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 16 stycznia 2014, o 17:33 
Utahraptor napisał(a):
Zwiększają ryzyko rewersji i konwergencji

Wczoraj o tym wspomniałeś; jeśli weźmiemy pod lupę TYLKO blisko spokrewnione bazalne formy, o znacznych preadaptacjach, ryzykujemy, że weźmiemy paralelizmy (i rewersje zresztą też) za cechy ważne, synapomorficzne. Musimy mieć jakiś punkt odniesienia w postaci dojrzałych ewolucyjnie potomków.


Góra
  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 17 stycznia 2014, o 11:46 
Offline
Moderator
Moderator

Dołączył(a): 22 października 2007, o 18:29
Posty: 2312
A jak weźmiemy formy bardziej zaawansowane, to w jaki sposób wyeliminuje to interpretowanie paralelizmów jako synapomorfii przez program komputerowy?
Im krótszy czas tym szanse na rewersje są mniejsze.

_________________
UCL, Wielka Brytania


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 18 stycznia 2014, o 11:24 
Offline
Moderator
Moderator
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 3 grudnia 2007, o 19:51
Posty: 6268
Lokalizacja: Wielkopolska
Imię i nazwisko: Maciej Ziegler
Utahraptor napisał(a):
nazuul napisał(a):
Utahraptor napisał(a):
Czekaj, jako ptak wyszedł w macierzy Cau chyba tylko w jednej z prób (metodą implied weighting w TNT). W pozostałych jako bazalny Paraves.

Tak, ale czy to znaczy, że mamy ten wynik ignorować?

Nie chodzi o ignorowanie, tylko o przejrzystość. Jeżeli wynik będzie się powtarzał w kolejnych publikacjach, to się go doda. Na razie zaczekajmy. Opis na tym nie ucierpi.

Ja myślałem, że bierzemy wszystkie dane pod uwagę.

Utahraptor napisał(a):
nazuul napisał(a):
Zaburza? A może raczej skoro analiza ma dać wiarygodny wynik, to powinna poza wczesnymi i w domyśle plezjomorficznymi i bazalnymi taksonami uwzględniać formy późne i w domyśle zaawansowane a także pośrednie.

To zależy od sytuacji. Jeżeli chcemy badać filogenezę wszystkich teropodów, albo pojedynczych rodzin, to się bierze wszystkie taksony. Natomiast jeśli się zastanawiamy nad pokrewieństwami jurajskich form (w tym wypadku praptaków), to formy kredowe nam tylko przeszkadzają. Zwiększają ryzyko rewersji i konwergencji, różnicują jeszcze bardziej dystanse ewolucyjne, przez co jeszcze trudniej je między sobą porównać.

To uznajmy, że to analiza bazalnych (niepygostylowych) Paraves.

Utahraptor napisał(a):
Ciekawy eksperyment. Uruchom jeszcze "New technology search" i "implied weighting", ustaw wartość k na 3. Zobaczymy co się stanie.

Nie chce mi się na nowo usuwać taksonów bezcelowo.
To nie jest "ciekawy eksperyment", tylko niepotrzebna zabawa w nieuzasadnione usuwanie danych.

Utahraptor napisał(a):
Nie rozwiąże to wszystkich problemów, bo jura jest słabo opróbkowana.

No właśnie

Utahraptor napisał(a):
Pozostał też problem ilości cech. Wiara, że w całym organizmie zachowała się informacja filogenetyczna i że atomizacja cech pomoże, jest dla mnie niezrozumiała.

Tak samo można powiedzieć, że wiara w to, że niektóre cechy są bardziej informatywne jest nieuzasadniona.
Dobrym rozwiązaniem odnośnie continous characters jest przeprowadzone tu:
Mannion, P.D., Upchurch P., Barnes R.D., Mateus O. 2013. Osteology of the Late Jurassic Portuguese sauropod dinosaur Lusotitan atalaiensis (Macronaria) and the evolutionary history of basal titanosauriforms. Zoological Journal of the Linnean Society. http://doi.wiley.com/10.1111/zoj.12029

Utahraptor napisał(a):
A jak weźmiemy formy bardziej zaawansowane, to w jaki sposób wyeliminuje to interpretowanie paralelizmów jako synapomorfii przez program komputerowy?

dlatego najlepiej brać wszystkie taksony

_________________
Obrazek
[Stamp: Apsaravis] [Avatar: P. Weimer, CC BY-NC-SA 2.0]


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 22 stycznia 2014, o 15:18 
Offline
Moderator
Moderator

Dołączył(a): 22 października 2007, o 18:29
Posty: 2312
nazuul napisał(a):
Ja myślałem, że bierzemy wszystkie dane pod uwagę.

To nie dane, tylko wynik. Nie bierzemy wszystkich interpretacji pod uwagę, tylko te wiodące. To tak jakby w systematyce skafonyksa pisać dinozaur/rynchozaur, bo kiedyś komuś wyszło, że to dinozaur. Poza tym w tekście jest to wytłumaczone. ;)
nazuul napisał(a):
To uznajmy, że to analiza bazalnych (niepygostylowych) Paraves.

Dlaczego niepygostylowych? Dlaczego późnokredowy ptak ma być mniej informatywny niż późnokredowy troodontyd?
nazuul napisał(a):
Nie chce mi się na nowo usuwać taksonów bezcelowo.
To nie jest "ciekawy eksperyment", tylko niepotrzebna zabawa w nieuzasadnione usuwanie danych

To nie jest nieuzasadnione. Dotykamy fundamentalnej kwestii doboru danych.
nazuul napisał(a):
Utahraptor napisał(a):
Pozostał też problem ilości cech. Wiara, że w całym organizmie zachowała się informacja filogenetyczna i że atomizacja cech pomoże, jest dla mnie niezrozumiała.

Tak samo można powiedzieć, że wiara w to, że niektóre cechy są bardziej informatywne jest nieuzasadniona.

Oczywiście, że jest uzasadniona. Twój kolor włosów ma takie samo filogenetyczne znaczenie co obecność wątroby?
nazuul napisał(a):
Dobrym rozwiązaniem odnośnie continous characters jest przeprowadzone tu:
Mannion, P.D., Upchurch P., Barnes R.D., Mateus O. 2013. Osteology of the Late Jurassic Portuguese sauropod dinosaur Lusotitan atalaiensis (Macronaria) and the evolutionary history of basal titanosauriforms. Zoological Journal of the Linnean Society. http://doi.wiley.com/10.1111/zoj.12029

Jest to pewien krok na przód.

_________________
UCL, Wielka Brytania


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 22 stycznia 2014, o 21:08 
Offline
Moderator
Moderator
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 3 grudnia 2007, o 19:51
Posty: 6268
Lokalizacja: Wielkopolska
Imię i nazwisko: Maciej Ziegler
Utahraptor napisał(a):
nazuul napisał(a):
Ja myślałem, że bierzemy wszystkie dane pod uwagę.

To nie dane, tylko wynik. Nie bierzemy wszystkich interpretacji pod uwagę, tylko te wiodące. To tak jakby w systematyce skafonyksa pisać dinozaur/rynchozaur, bo kiedyś komuś wyszło, że to dinozaur. Poza tym w tekście jest to wytłumaczone. ;)

Skafonyks to co innego, bo jak rozumiem hipoteza została odrzucona dawno i z przytłaczającą ilością danych. Natomiast wędrowanie taksonu po kladogramach (mniejsza o to, czy inną metodą czy w innej macierzy) to właśnie hipotezy wiodące.
W innym opisie Avialae zostałoby to uwzględnione w systematyce (uwzględnione byłbyby także wyniki niewiodące), w tym nie jest, bo tworzysz opisy nieco inaczej niż powszechnie przyjęte w ED. Por. np. Shanag w ED

Utahraptor napisał(a):
nazuul napisał(a):
To uznajmy, że to analiza bazalnych (niepygostylowych) Paraves.

Dlaczego niepygostylowych? Dlaczego późnokredowy ptak ma być mniej informatywny niż późnokredowy troodontyd?

Tylko opisuję czego dotyczy analiza w Godefroit i in. - określiłbym ją właśnie jako analiza bazalnych (niepygostylowych) Paraves.
Autorzy ją określili tak "largest phylogenetic analysis of
basal Paraves so far constructed" (art.) i "novel phylogenetic analysis of Coelurosauria that is focussed on
basal Paraves. (...) Since the aim of this study focused on basal Paraves, a subset of taxa from the master set of
358 was chosen as the ingroup for this analysis. We selected 101 theropod OTUs including
all paravians considered close to the deinonychosaurian-avialan divergence in previous
studies2-6, 9, 10, 12, 18-20, 23, a large sample of non-paravian coelurosaurs and four basal noncoelurosaurian
theropods as outgroups (Dilophosaurus, Dubreuillosaurus, Monolophosaurus,
and Sinraptor). The included OTUs were selected based on: 1) degree of completeness; 2)
presence of unique character state combinations; 3) probable basal placement based on
previous phylogenetic studies close the root of the main lineages, or a combination of these
factors." (suplement)


Utahraptor napisał(a):
nazuul napisał(a):
Nie chce mi się na nowo usuwać taksonów bezcelowo.
To nie jest "ciekawy eksperyment", tylko niepotrzebna zabawa w nieuzasadnione usuwanie danych

To nie jest nieuzasadnione. Dotykamy fundamentalnej kwestii doboru danych.

Moim zdaniem jest nieuzasadnione, z powodów, które przedstawiłem wyżej.
Nie tak powinna wyglądać ocena analizy filogenetycznej, lecz tak: http://archosaur.us/theropoddatabase/Ev ... alyses.htm
http://theropoddatabase.blogspot.com/search?q=peters
Do tego m.in.: wskazanie nietrafnego sformułowania cech i zaproponowanie lepszego (np. nie stan 1: stosunek długości >0,8 stan 2: stosunek długości <0,8 ale np. 0,75, albo rozbicie na więcej stanów/continous), dodanie cech uznanych za istotne, usunięcie nieinformatywnych, ale też to o czym piszesz, ale gruntownie przeanalizowane i uzasadnione, metody statystyczne, albo np. coś takiego "takson A jest bazalny do B+(C+D), ale taka pozycja nie współgra ze stratygrafią, a jeśli go przesunąć w inne miejsce, blisko D, wydłużając drzewo o 2 kroki, stratygrafia jest OK, zwłaszcza że cechy te wydają się podatne bardzo na homoplazję, bo ... zatem uznaję, że bardziej prawdopodobna jest pozycja bliższa D, którego od A dzieli mało czasu, choć nie jest to ściśle parsymoniczna pozycja...), itp., itd...
To co proponujesz jest tak ogólne, miałkie, arbitralne i a priori (np. "Przy analizie jurajskich form nie powinien używać późnokredowych form, które dzieli duży dystans ewolucyjny"), że to nie jest żadna krytyka.
W ogóle to po co my dyskutujemy - napisz do Cau, że jego analiza jest kiepska i dlaczego - zobaczymy, co Ci odpowie.
(atomizacja cech ogólnie - tak to jest problem analiz filgenetycznych)

Utahraptor napisał(a):
nazuul napisał(a):
Utahraptor napisał(a):
Pozostał też problem ilości cech. Wiara, że w całym organizmie zachowała się informacja filogenetyczna i że atomizacja cech pomoże, jest dla mnie niezrozumiała.

Tak samo można powiedzieć, że wiara w to, że niektóre cechy są bardziej informatywne jest nieuzasadniona.

Oczywiście, że jest uzasadniona. Twój kolor włosów ma takie samo filogenetyczne znaczenie co obecność wątroby?

z obserwacji współcześnie żyjących form wiemy, że pierwsza cecha jest mało informatywna w szerokim kontekście (np. filogeneza kręgówców), ale w wąskim (pokrewieństwo mnie z kilkonastoma osobami) jest, druga odwrotnie. W przypadku skamieniałości np. bazalnych Paraves po prostu nie wiemy, co może być bardziej informatywne a co mniej.

_________________
Obrazek
[Stamp: Apsaravis] [Avatar: P. Weimer, CC BY-NC-SA 2.0]


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 23 stycznia 2014, o 18:00 
Offline
Moderator
Moderator

Dołączył(a): 22 października 2007, o 18:29
Posty: 2312
nazuul napisał(a):
W innym opisie Avialae zostałoby to uwzględnione w systematyce (uwzględnione byłbyby także wyniki niewiodące), w tym nie jest, bo tworzysz opisy nieco inaczej niż powszechnie przyjęte w ED. Por. np. Shanag w ED

Powszechnie przyjęte wydaje mi się za dużym słowem. Raczej przyjęte przez Ciebie jako, że jesteś praktycznie jedyną osobą, która działa na szeroką skalę w teropodach w ED (i chwała Ci za to :)). Skoro już poruszyłeś tę kwestię - nie wiem jakie masz doświadczenia w nauczaniu innych, ale wyobraź sobie ucznia, który chce zrobić pracę domową o opierzonych dinozaurach. Wchodzi na hasło Shanag, spojrzy na tabelkę i jaki wniosek wyciągnie? Co z tych kilku propozycji zrozumie i zapamięta? Obawiam się, że nic, tudzież niewiele. Systematyka musi być maksymalnie prosta - to jedno z jej podstawowych założeń. Przekaz informacji również musi być uproszczony. To nie jest baza danych tylko serwis popularyzatorski, a nawet w bazach danych dużo wysiłku poświęca się maksymalnie prostemu przekazowi informacji.
Cytuj:
We selected 101 theropod OTUs including
all paravians considered close to the deinonychosaurian-avialan divergence in previous
studies

Ten warunek moim zdaniem nie jest właśnie spełniony. Zwłaszcza jeśli się okaże, że Paraves są jeszcze starsze niż nam się wydaje (sąsiedni wątek).
nazuul napisał(a):
To co proponujesz jest tak ogólne, miałkie, arbitralne i a priori (np. "Przy analizie jurajskich form nie powinien używać późnokredowych form, które dzieli duży dystans ewolucyjny"), że to nie jest żadna krytyka.
W ogóle to po co my dyskutujemy - napisz do Cau, że jego analiza jest kiepska i dlaczego - zobaczymy, co Ci odpowie.
(atomizacja cech ogólnie - tak to jest problem analiz filgenetycznych)

Jest ogólne, bo nie mam czasu wchodzić w szczegóły. Zajmuję się jaszczurkami i tam filogenetykę uprawia się w podobny sposób, więc i problemy są podobne. Na szczęście dla jaszczurek mamy zapis genetyczny większości linii ewolucyjnych i wiemy, że takie podejście do niczego nie prowadzi. Dlaczego nikt nie zastanawia się jaki wpływ ma różnica w wieku (ponad 100 milionów lat) porównywanych taksonów na wynik?
nazuul napisał(a):
z obserwacji współcześnie żyjących form wiemy, że pierwsza cecha jest mało informatywna w szerokim kontekście (np. filogeneza kręgówców), ale w wąskim (pokrewieństwo mnie z kilkonastoma osobami) jest, druga odwrotnie. W przypadku skamieniałości np. bazalnych Paraves po prostu nie wiemy, co może być bardziej informatywne a co mniej.

Jak to nie wiemy? A cała nasza wiedza na temat wieku poszczególnych form i biologii rozwoju?

_________________
UCL, Wielka Brytania


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 26 stycznia 2014, o 11:55 
Offline
Moderator
Moderator
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 3 grudnia 2007, o 19:51
Posty: 6268
Lokalizacja: Wielkopolska
Imię i nazwisko: Maciej Ziegler
Utahraptor napisał(a):
Powszechnie przyjęte wydaje mi się za dużym słowem. Raczej przyjęte przez Ciebie jako, że jesteś praktycznie jedyną osobą, która działa na szeroką skalę w teropodach w ED

Nie za bardzo, zob. sobie np. stare opisy Sebastiana, np. viewtopic.php?f=6&t=1197
Zakładam, że jednoznaczna systematyka w innych opisach wynika nie z uproszczenia, czy wyboru hipotezy uznanej przez autora opisu na najbardziej wiarygodną, ale z niewiedzy na temat alternatyw.
Nie dotyczy to też tylko teropodów.

Utahraptor napisał(a):
Skoro już poruszyłeś tę kwestię - nie wiem jakie masz doświadczenia w nauczaniu innych, ale wyobraź sobie ucznia, który chce zrobić pracę domową o opierzonych dinozaurach. Wchodzi na hasło Shanag, spojrzy na tabelkę i jaki wniosek wyciągnie? Co z tych kilku propozycji zrozumie i zapamięta? Obawiam się, że nic, tudzież niewiele.

Wyciągnie wniosek, że systematyka jest niepewna, raczej ze wskazaniem na Dromaeosauridae. W haśle jest odpowiedni komentarz, często jednak takiego nie ma i informacja o filogenezie danego taksonu widnieje tylko w tabelce.
Nie wydaje mi się, żeby np. takie uproszczenie:
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... ldid=12008
było bardziej zrozumiałe, bo jeśli ktoś nie wie, co to jest Microraptoria to i tak mu to nic nie powie, za to taka tabelka jest mniej informatywna

Utahraptor napisał(a):
Systematyka musi być maksymalnie prosta - to jedno z jej podstawowych założeń. Przekaz informacji również musi być uproszczony. To nie jest baza danych tylko serwis popularyzatorski, a nawet w bazach danych dużo wysiłku poświęca się maksymalnie prostemu przekazowi informacji.

Czy takie są założenia ED? Nic mi o tym nie wiadomo. ED jest taka, jak są kształtują (ukształtowali) ją piszący.
Systematyka w tabeli w opisach jest miejscem, gdzie podaje się nazwy kladów, do których należy lub może należeć dany takson - skoro jest wiele hipotez, to wtedy tabela się komplikuje.
Na pewno lepsze to niż arbitralność - wybieranie sobie, które nazwy uwzględniamy a które nie (z reguły autor hasła nie bada, które hipotezy są lepsze!).

Utahraptor napisał(a):
Cytuj:
We selected 101 theropod OTUs including
all paravians considered close to the deinonychosaurian-avialan divergence in previous
studies

Ten warunek moim zdaniem nie jest właśnie spełniony. Zwłaszcza jeśli się okaże, że Paraves są jeszcze starsze niż nam się wydaje (sąsiedni wątek).

Faktycznie nie ma kilku bardziej fragmentarycznych taksonów, jak np. Pedopenna, której z reguły się nie umieszcza w analizach. Niemniej pod względem taksonów to najobszerniejsza dotąd opublikowana analiza bazalnych Paraves.

Utahraptor napisał(a):
nazuul napisał(a):
To co proponujesz jest tak ogólne, miałkie, arbitralne i a priori (np. "Przy analizie jurajskich form nie powinien używać późnokredowych form, które dzieli duży dystans ewolucyjny"), że to nie jest żadna krytyka.
W ogóle to po co my dyskutujemy - napisz do Cau, że jego analiza jest kiepska i dlaczego - zobaczymy, co Ci odpowie.
(atomizacja cech ogólnie - tak to jest problem analiz filgenetycznych)

Jest ogólne, bo nie mam czasu wchodzić w szczegóły. Zajmuję się jaszczurkami i tam filogenetykę uprawia się w podobny sposób, więc i problemy są podobne. Na szczęście dla jaszczurek mamy zapis genetyczny większości linii ewolucyjnych i wiemy, że takie podejście do niczego nie prowadzi.

niestety dla bazalnych Paraves nie mamy tylko dane morfologiczne. Jakieś alternatywy?

Utahraptor napisał(a):
Dlaczego nikt nie zastanawia się jaki wpływ ma różnica w wieku (ponad 100 milionów lat) porównywanych taksonów na wynik?

Faktycznie rzadko (prawie wcale?) coś takiego się widzi dla tej części drzewa. Skoro jednak obpróbkowanie jest dość rozległe (dla bazalnych Paraves w Godefroit i in. 2013b), to zdaje się to nie być problemem, jak to już wyżej wyrażełem.

Utahraptor napisał(a):
nazuul napisał(a):
z obserwacji współcześnie żyjących form wiemy, że pierwsza cecha jest mało informatywna w szerokim kontekście (np. filogeneza kręgówców), ale w wąskim (pokrewieństwo mnie z kilkonastoma osobami) jest, druga odwrotnie. W przypadku skamieniałości np. bazalnych Paraves po prostu nie wiemy, co może być bardziej informatywne a co mniej.

Jak to nie wiemy? A cała nasza wiedza na temat wieku poszczególnych form i biologii rozwoju?

aha, czyli powinniśmy zakładać, że cechy obecne u jurajskich Paraves i krewniaków świadczą o filogenezie, a te obecne u późniejszych już nie?
biologia rozwoju - co masz na myśli?

_________________
Obrazek
[Stamp: Apsaravis] [Avatar: P. Weimer, CC BY-NC-SA 2.0]


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 26 stycznia 2014, o 13:04 
Mateusz zapewne miał na myśli to, że dzięki badaniom neontologicznym (np. biologii rozwoju) jesteśmy w stanie wartościować cechy; wiemy co mogło być labilne, a co konserwatywne, jaki mógł być potencjalny kierunek zmian. Poza tym, dzięki badaniom ewolucyjnym nad dzisiejszymi organizmami, wiemy co mogło być wynikiem działania doboru, co miało charakter inżynieryjny, np. kształt zębów związany jest z dietą, a co mogło potencjalnie być zaszłością ewolucyjną.

Przykładowo, cecha 253. w macierzy Xu i inni (2011), którą wykorzystał Godefroit i inni (2013): "Dentary not bowed (0) or bowed (concave dorsally) (1)." jest bez większej wartości filogenetycznej, gdy rozpatrujemy taksony z różnych grup ekologicznych, oddzielone od siebie o dziesiątki milionów lat. Wstawienie takich cech w macierz znamionuje stosowanie techniki "trash in, trash, out".


Góra
  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 29 stycznia 2014, o 11:04 
Offline
Moderator
Moderator

Dołączył(a): 22 października 2007, o 18:29
Posty: 2312
Wybacz nazuulu, ale takiego podejścia do systematyki nauczono mnie w trakcie studiów biologicznych. Uważam takie podejście za racjonalne, zwłaszcza w przypadku edukacji. Oczywiście ED tworzą nie tylko biolodzy i to nie musi wyglądać tak jak ja sobie to wyobrażam. Dlatego nie narzucam swego punktu widzenia w twoich opisach, ale mam prawo tworzyć swoje opisy inaczej.
Jak masz kilka alternatyw, to nie idzie za tym żadne przesłanie. Jak masz jedną ze znakiem zapytania, to wiesz, że jest taka hipoteza, ale niepewna - że mogą istnieć inne możliwości.
Niestety nasze problemy wynikają chyba także z tego, że z większości kladogramów nie tworzy się hipotez, więc nie ma jak ich porównywać - można tylko tworzyć zestawienia. Temu wyszło to, a temu to.
Sprawa doboru taksonów wygląda dla mnie tak: im takson starszy, tym szansa na prymitywniejszy stan cechy jest większa, im młodszy - mniejsza.
Co do ostatniego, to wyraził to już Dawid.

_________________
UCL, Wielka Brytania


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 29 stycznia 2014, o 22:03 
Offline
Paleogeński prawaleń
Paleogeński prawaleń
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 23 czerwca 2009, o 10:40
Posty: 3696
Lokalizacja: B-B
Imię i nazwisko: Marcin Szermański
Utahraptor napisał(a):
Oczywiście ED tworzą nie tylko biolodzy i to nie musi wyglądać tak jak ja sobie to wyobrażam. Dlatego nie narzucam swego punktu widzenia w twoich opisach, ale mam prawo tworzyć swoje opisy inaczej.

Nie znam się na takich sprawach i nie wiem która z Waszych opcji jest lepsza, ale wydaje mi się, że wszelkie aspekty ED powinny być zunifikowane.

_________________
"Mastodon sapiens"


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 29 stycznia 2014, o 22:46 
Offline
Moderator
Moderator

Dołączył(a): 22 października 2007, o 18:29
Posty: 2312
szerman napisał(a):
Nie znam się na takich sprawach i nie wiem która z Waszych opcji jest lepsza, ale wydaje mi się, że wszelkie aspekty ED powinny być zunifikowane.

Wydaje mi się, że wszelkich się nie da np. liczby rozdziałów i ich tytułów w opisie. Treść będzie zawsze różna, bo różne rzeczy wiemy o poszczególnych gatunkach (u jednych badano mechanikę kończyn, u innych stan zachowania itd.). Chyba możemy jedynie ujednolicać graficznie ED (ale też nie pod względem ilustracji). O większej unifikacji można pomyśleć, gdybyśmy mieli wydać ED w postaci książkowej. :)

_________________
UCL, Wielka Brytania


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 30 stycznia 2014, o 22:09 
Offline
Paleogeński prawaleń
Paleogeński prawaleń
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 23 czerwca 2009, o 10:40
Posty: 3696
Lokalizacja: B-B
Imię i nazwisko: Marcin Szermański
Oczywiście ;) Chodziło mi nie tyle o rozkład tekstu, a bardziej o to, jak wpisywać różne ewentualne opcje systematyki w tabelce.

_________________
"Mastodon sapiens"


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 9 lutego 2014, o 18:30 
Offline
Moderator
Moderator
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 3 grudnia 2007, o 19:51
Posty: 6268
Lokalizacja: Wielkopolska
Imię i nazwisko: Maciej Ziegler
Cech funkcjonalnych - związanych z dietą, lokomocją, wielkością, zmysłami; pneumatyzację, ontogenezę, ozdoby też można tu wrzucić - jest wiele i często trudno określić, na ile rzeczywiście takie są. Takie cechy zębów np. z nowej pracy (Hendrickx i Mateus, 2014) - ile z nich rzeczywiście jest funkcjonalnych? Te "Dentary not bowed..." nie jest wcale oczywiście powiązane z dietą. Powszechnie uznawane synapomorfie roznych kladów to w dużej części właśnie cechy funkcjonalne. Np. Spinosauridae - chyba najlepiej podparty synapomorfiami klad nieptasich teropodów w ogromnej części diagnozowany jest cechami funkcjonalnymi (dietetycznymi) zębów i czaszki. Nie kojarzę, żeby ktoś zaproponował, że Spinosauridae nie są grupą monofiletyczną.
Ciekawe co by było, gdyby skasować wszystkie takie cechy z analiz.
Jeszcze coś - skoro jest tak jak twierdzicie, dlaczego paleontologia nie idzie w tym kierunku, ale w przeciwnym? Cofamy się?

Utahraptor napisał(a):
Sprawa doboru taksonów wygląda dla mnie tak: im takson starszy, tym szansa na prymitywniejszy stan cechy jest większa, im młodszy - mniejsza.

Ale jeśli wrzucamy wszystkie? A to?
nazuul napisał(a):
skoro analiza ma dać wiarygodny wynik, to powinna poza wczesnymi i w domyśle plezjomorficznymi i bazalnymi taksonami uwzględniać formy późne i w domyśle zaawansowane a także pośrednie.
Usunąłem z analizy późnokredowe (...). Ciekawostka uzasadniająca powyższe moje twierdzenie: taksony zaliczane do Tyrannosauroidea difiletyczne (Yutyrannus bardziej bazalny), ale jeśli przywrócić Tyrannosaurus, Yutyrannus wraca do swojego miejsca.

Wg Ciebie hipoteza Yutyrannus bardziej bazalnego od Tyrannosauroidea jest lepsza niż zaawansowanego Tyrannosauroidea?

Co do tego jak powinna wyglądać tabelka w opisach to uważam tak jak szerman, że jak najwięcej ostotnych aspektów ED powinno być zunifikowanych.

Utahraptor napisał(a):
Jak masz kilka alternatyw, to nie idzie za tym żadne przesłanie.

Tzn?

Utahraptor napisał(a):
Jak masz jedną ze znakiem zapytania, to wiesz, że jest taka hipoteza, ale niepewna - że mogą istnieć inne możliwości.

Tylko w przypadku, jeśli jedna jest np. wiodąca, lepiej udokumentowana, częściej uzyskiwana.

_________________
Obrazek
[Stamp: Apsaravis] [Avatar: P. Weimer, CC BY-NC-SA 2.0]


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: [opis] Eosinopteryx
PostNapisane: 4 kwietnia 2014, o 18:31 
Offline
Moderator
Moderator

Dołączył(a): 22 października 2007, o 18:29
Posty: 2312
nazuul napisał(a):
Cech funkcjonalnych - związanych z dietą, lokomocją, wielkością, zmysłami; pneumatyzację, ontogenezę, ozdoby też można tu wrzucić - jest wiele i często trudno określić, na ile rzeczywiście takie są. Takie cechy zębów np. z nowej pracy (Hendrickx i Mateus, 2014) - ile z nich rzeczywiście jest funkcjonalnych? Te "Dentary not bowed..." nie jest wcale oczywiście powiązane z dietą. Powszechnie uznawane synapomorfie roznych kladów to w dużej części właśnie cechy funkcjonalne. Np. Spinosauridae - chyba najlepiej podparty synapomorfiami klad nieptasich teropodów w ogromnej części diagnozowany jest cechami funkcjonalnymi (dietetycznymi) zębów i czaszki. Nie kojarzę, żeby ktoś zaproponował, że Spinosauridae nie są grupą monofiletyczną.
Ciekawe co by było, gdyby skasować wszystkie takie cechy z analiz.
Jeszcze coś - skoro jest tak jak twierdzicie, dlaczego paleontologia nie idzie w tym kierunku, ale w przeciwnym? Cofamy się?

Nie mówię, że cechy związane z funkcją nie nadają się do analiz. To zależy od stopnia złożoności tej cechy. Kształt zęba można łatwo zmienić w toku ewolucji i wynika on głównie z diety, a nie zaszłości ewolucyjnych. Grzebień na mostku u ptaków też jest cechą funkcjonalną, ale jego znaczenie w filogenezie ptaków było większe niż utrata/modyfikacje zębów. Trzeba zastanowić się, czy dana cecha mogła być łatwo powielona w różnych liniach, czy nie. W tej chwili wrzuca się co się da w nadziei, że "właściwe" cechy przeważą. Moim zdaniem jest to szkodliwe podejście.
nazuul napisał(a):
Utahraptor napisał(a):
Sprawa doboru taksonów wygląda dla mnie tak: im takson starszy, tym szansa na prymitywniejszy stan cechy jest większa, im młodszy - mniejsza.

Ale jeśli wrzucamy wszystkie? A to?

Rozkład cech w pingwinach może wpłynąć np. na pokrewieństwa jurajskich form.
nazuul napisał(a):
Usunąłem z analizy późnokredowe (...). Ciekawostka uzasadniająca powyższe moje twierdzenie: taksony zaliczane do Tyrannosauroidea difiletyczne (Yutyrannus bardziej bazalny), ale jeśli przywrócić Tyrannosaurus, Yutyrannus wraca do swojego miejsca.
Wg Ciebie hipoteza Yutyrannus bardziej bazalnego od Tyrannosauroidea jest lepsza niż zaawansowanego Tyrannosauroidea?

To potwierdza moje powyższe stwierdzenie. Nie wiem, która hipoteza jest lepsza, gdyż nie znam się na tyranozauroidach. Nie zostały jednak spełnione wszystkie moje warunki, więc za efekt nie ręczę ;) . W zależności od tego jaki etap filogenezy nas interesuje, powinniśmy dobierać inne cechy i taksony. Dla mnie to truizm, ale zauważyłem, że wielu badaczy wrzuca wszystko co się da i, co gorsza, wierzy, że to daje lepszy efekt.

nazuul napisał(a):
Tylko w przypadku, jeśli jedna jest np. wiodąca, lepiej udokumentowana, częściej uzyskiwana.

Zgadzam się, dlatego powinniśmy się zastanawiać nad argumentami przedstawianymi przez różnych badaczy, przy tworzeniu opisów, albo ograniczyć się tylko do pewnych jednostek. Jeśli nie wiemy, czy coś jest ptakie, troodontydem, dromeozaurydem, to lepiej po prostu skończyć systematykę na Paraves, niż podawać wszystkie 3 ze znakiem zapytania.

_________________
UCL, Wielka Brytania


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
Wyświetl posty nie starsze niż:  Sortuj wg  
Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 24 ] 

Strefa czasowa: UTC + 1


Kto przegląda forum

Użytkownicy przeglądający ten dział: Brak zidentyfikowanych użytkowników i 1 gość


Nie możesz rozpoczynać nowych wątków
Nie możesz odpowiadać w wątkach
Nie możesz edytować swoich postów
Nie możesz usuwać swoich postów
Nie możesz dodawać załączników

Szukaj:
Skocz do:  

Copyright © 2005-2013 Dinozaury.com! - z nami przeniesiesz się w czasie...
Powered by phpBBphpBB Group
Template made by DEVPPL/ThatBigForum
Przyjazne użytkownikom polskie wsparcie phpBB3 - phpBB3.PL