Dawid Mazurek pisze:Jaki jest powód, dla którego uważacie, że nie powinniśmy ciągle testować - nawet wydawałoby się odrzuconych - koncepcji?
Testowanie tego, czy stopa arktometatarsalna powstała raz czy wiele razy to jedna sprawa (osobny artykuł), a filogeneza teropodów to druga. Jeżeli konsens będzie taki, że powstała raz, można jej będzie używać w pracach o filogenezie, a jak odmienny - cecha wylatuje.
Mnie to nie przekonuje. Sądzę, że tego typu sprawy warto ciągle testować. Mogę się mylić, ale zakładam, że wszystkie mecierze dot. celurozaurów powstałe po 2000 r. uwzględniają tą cechę. Ciekawe, co by było, gdyby pousuwać z analiz celurozaurów wszystkie cechy, które obecnie wydają się homoplastyczne. Zostaną te, które uważa się obecnie za unikalne synapomorfie. Jaki będzie kształt drzewa, trudno przewidzieć, zapewne nie będzie zbyt podobny do piertownego, na którego kształt mialy wplyw także cechy homplastyczne.
Jeżeli konsens jest taki, że powstała raz, to po co to zamieszczać ją w analizie?
Co jeśli obecny konsensus o wielokrotnym powstaniu arktometatarsala jest wynikiem przeważenia przez śmieciowe cechy, jak "jakieś przypadkowe proporcje i kształty kości kończyn i czaszki"?
Zapewne właśnie tak jest w sporej części, bo to w końcu przefenetyzowane analizy celurozaurów!
Dawid Mazurek pisze:Nie kodujemy obecności piór i włosów jako tego samego stanu tej samej cechy, ale jeśli ktoś wykaże ich homologię, może będziemy musieli zacząć...
Dobry przykład.
Nie kodujemy, bo mamy mocne powody (chemiczne, morfologiczne), że to nie są struktury homologiczne. Jeśli jednak okazałoby się, że to może być potencjalna synapomorfia, to myślę, że warto to wziąć pod uwagę jako cechę ewentualnie łącząca ptaki i ssaki.
Co do arktometatarsus, to nie mamy tak mocnych powodów - poza innymi cechami, co dotyczy też piór i włosów - by zakładać konwergencję (oczywiście arktometatarsus to tylko przykład, bo chodzi nam o samą zasadę).
Dawid Mazurek pisze:Powiedzmy, że na gruncie obecnych hipotez filogenezy stopa arktometatarsalna powstała 6 razy. Dlaczego jednak nie sprawdzić, czy przypadkiem 4?
Można zrobić nakładając tę cechę na już zrobiony bez użycia homoplazji kladogram.
Ale to nie będzie testowanie tej cechy.
Dawid Mazurek pisze:Ta cecha, zapewne przy wsparciu innych, może wszak spowodować, że pewne taksony się do siebie zbliżą, czego byśmy nie zaobserwowali, odrzucając tą cechę z góry.
Dokładnie. Komputerowa analiza filogenezy ma charakter statystyczny, probabilistyczny, więc używanie śmieciowych danych wejściowych może powodować sztuczne zbliżanie/oddalanie się taksonów, czego byśmy nie zaobserwowali używając "dobrych" cech.
Zgadza się. Ale jakie cechy są "dobre"? Te, które obecnie - na podstawie śmieciowych cech - uważamy za niehomoplastyczne.
Jakie to by były cechy dla celurozaurów? Pisałeś wcześniej zdaje się o kręgach, ale tutaj też jest wiele cech, które wydają się mocno narożone na homoplazje (pneumatyzacja, wysokość wyrostków itp.).
Dawid Mazurek pisze:Wydawałoby się, że stopa arktometatarsalna to cecha, która nie powstaje w ewolucji łatwo...
Dokładnie. Cechy nie są równowartościowe
Oczywiście. Tylko tutaj
wiemy, że to homplazja. Jestem jednak pewien, że bez tej wstępnej selekcji, którą proponujesz, ta cecha byłaby uważana za bardzo mocną .
Dawid Mazurek pisze:Nie sądzicie, że remedium na te problemy jest odrzucenie maximum parsimony i stosowanie innych metod, jak maximum likelihood?
Co ktoś z nas może sądzić, a jak się w praktyce tworzy macierze i przeprowadza analizy... dwie różne sprawy.
Zgadza się. Wiesz, przynajmniej teoretycznie, jak działa dana metoda. Chciałbym więc poznać Twoją opinię i argumentację.
Dawid Mazurek pisze:Podoba mi się co napisał Bennett i generalnie się pod tym podpisuję, a omawiany przez nas przypadek jaszczurek stoi w sprzeczności z tymi słowami Mortimera: "First, there have been numerous papers showing adding taxa and characters usually results in a more accurate tree". Ja bym powiedział, że dodawanie pojedynczych cech i taksonów do już istniejących macierzy (lub po prostu podobny schemat budowania nowych macierzy) z natury rzeczy zazwyczaj nie ma wystarczającej siły statystycznej by obrócić topologię o 180 stopni, więc podrasowana analiza jest zgodna w ogółach ze swoją poprzedniczką.
Mnie natomiast przekonuje argumentacja Morimera, choć akurat to zacytowane zdanie nie, gdyż może być lepiej rozwiązana topologia (brak politomii), nie znaczy automatycznie, że wynik jest bliższy prawdy.
Z drugim zdaniem oczywiście racja.
Dawid Mazurek pisze:Dawid - wcześniej stwierdziłeś, że w swoim scenariuszu nie bierzesz pod uwagę Scansoriopterygidae, bo powinniśmy zakładać, że ich podobieństwo do owiraptorozaurów (i ogólnie 'morfotypu roślinożernego'), to konwergencja
Nie pamiętam co napisałem, ale bardziej mi chodziło o to, że póki nie za wiele wiemy o tym co to za grupa, jaka jest morfologia, pozycja systematyczna, rozprzestrzenienie czasowe i geograficzne, dla przejrzystości wywodu można je pominąć, tak jak czasem z macierzy wycina się niekompletne taksony, które destabilizują topologię... Alternatywnie: JA niewiele o niej wiem, więc ją pomijam, upraszczam, myślę syntetycznie...
Wcześniejszą naszą dyskusję o Scansoriopterygidae wklejam niżej (najistotniejsze kwestie). Powyższe powody pomijania Scansoriopterygidae są dla mnie niewystarczające. Z morfologią są problemy, ale dane, które oferują, należy wziąć pod uwagę, z odpowiednią ostrożnością. Rozprzestrzenienie czasowe i geograficzne oczywiście trzeba przyjmować dla znanych taksonów a kolejne mogą nie być nigdy znane. Są wczesne i z Azji, więc mogą być dobrym modelem. Owszem z macierzy wycina się niekompletne taksony, które destabilizują topologię, ale co do zasady powinno się to robić a posteriori, często a priori się usuwa fragmentaryczne (właściwie nie tyle usuwa, co nie uwzględnia a priori), ale one też mogą nieść istotne informacje.
Dawid Mazurek pisze:nazuul pisze:Dawid Mazurek pisze:nazuul pisze:W skrócie: Twoja interpretacja jest nieprawidłowa, bo nie bierzesz pod uwagę Scansoriopterygidae.
Szczegółowo:(...)
Dawid Mazurek pisze:Moim zdaniem nieupoważnione jest założenie, że wspólny przodek dwóch kladów ma bardziej przypominać dalekich potomków wspólnego przodka z linią siostrzaną tych dwóch kladów niż po prostu bazalnych przedstawicieli któregoś z owych dwóch kladów.
chyba doszliśmy do meritum. Tutaj właśnie się rożnimy, gdyż moim zdaniem bardziej prawdopodobne - bo bardziej parsymoniczne - jest to, że ostatni wspólny przodek dwóch kladów był bardziej podobny do kolejnych grup zewnętrznych tego kladu, niż to, że - jak wynika z odrzuconej przez Ciebie alternatywnej hipotezy - mofologia tych grup zewnętrznych jest wynikiem konwergencji. Inaczej - wg Ciebie bardziej prawdopodobne jest to, że morfotyp archeopteryksa się pojawił u podstawy eumaniraptora)i nastąpiła rewersja u podstawy Avialae, niż to, że się pojawił u podstawy Deinonychosauria.
zobrazować to można w ten sposób, że "morfotyp archeopteryksa" to A natomias B to "morfotyp rośniożerny" (grup zewnęrznych do Deinonychosauria wg Godefriota i in., cechy za Xu i in. 2011- oczywiście wiemy, że to jest katasfrofalne uproszczenie i dobór cech i inne parametry są tu kluczowe). Mamy więc coś takiego, gwiazdką oznaczyłem formy jurajskie:
B(B*(A*(B+B)))
są to po kolei:
Incisivosaurus/Protaracheopteryx (=bazalne Oviraptorosauria), Scansorioprerygidae, (tu mamy deinonychozaury - A), Shenzhouraptor, Omnivoropterygidae
Wg Ciebie "morfotyp A" to pierwotna budowa podkreślonego kladu:
B(B*(
A*(B+B)))
a wg mnie tego:
B(B*(
A*(B+B)))
Błąd widzę u Ciebie w tym, że nie bierzesz pod uwagę Scansoriopterygidae - B* (EDIT - jeszcze coś - patrz pozycje Epidexipteryx i Epidendrosaurus w Turner i in. 2012).
Skutkuje to tym, że "morfotyp A" uważasz za pierwotny dla Avialae:
Dawid Mazurek pisze:Moim zdaniem z kladogramu Godefriota i in. wynika jasno, że bazalny deinonychozaur musiał być Archie-like, a to że taki morfotyp mógł mieć też bazalny Avialae domyśliłem już sam, ale w zgodzie z licznymi scenariuszami wywodzącymi przez dziesięciolecia ptaki od archeopteryksa.
Oczywiście u podstawy Eumaniraptora musiały nastąpić zmiany w układzie lokomocji (kończyny przednie) ale zakłądam, ze morfotyp archeopteryksa to coś więcej, m.in. cechy czaszki
Tak, to o to chodzi! Nie wziąłem ich pod uwagę! Dlaczego? Jest to grupa okryta niedawno, nieliczna, a znani przedstawiciele są stosunkowo późni czasowo w stosunku do możliwych pozycji filogenetycznych grupy. Poza tym wydają się być grupą wyspecjalizowaną!!! [convergence alert!] Informatywny filogenetycznie (bo potencjalnie wyrośnięty) jest tylko holotyp
Epidexipteryx hui. Pozycja grupy u Agnolína i Novasa (2011) i Turnera, Makovicky'ego i Norella (2012) jest niestabilna i na przykład niewiele potrzeba bo zrobić z nich owiraptorozaury. Kto wie gdzie wylądują za kilka dorosłych szkieletów i za kilka macierzy... Na potrzeby mojego scenariusza, dokonałem subiektywnego wyboru, by póki co nie brać ich pod uwagę
(...)
No właśnie, stwierdzenie problamatyczności i wyspecjalizowania Scansoriopterygidae ma załatwiać sprawę. Ja bym się jednak skłaniał ku total evidence, jak widzimy poczyniłeś wiele subiektywnych/konrtowersyjnych pominięć/skrótów i ich nie wyjaśniłeś, no więc musiałem skrytykować
. Otóż sprawa wygląda tak, że - paradoksalnie - z różnych hipotez to właśnie ta, na której się oparłeś, jest najsilniejszą alternatywą dla Twojego scenariusza
(który, biorąc pod uwagę inne hipotezy, wygląda OK; biorąc pod uwagę mocne wsparcie dla archeopteryksa jako bazalnego Aviale jest bardziej prawdopodobny). Wskazuje, że Scansoriopterygidae są może właśnie plezjomorficzne a Deinonychosauria są wyspecjalizowane. Scansoriopterygidae nie są późne, ale właśnie są najstarsze, obok anchiornis itp. oraz
Haplocheirus. Wg topologii Godefriota i in. właśnie pojawiają się zaraz po radiacji Paraves, czyli praktycznie są tam, gdzie powinny. Owiraptorozaury i terizinozaury - jeśli nie są tak wyspecjalizowane, jak sie sądzi? Właśnie filogeneza wg Godefriota i in. i Xu i in. wskazuje, że może właśnie są bliższe stanowi pierwotnemu. Alwarezauroidy -
Haplocheiurus ogólnym pokrojem wygląda na bazalnego celurozaura.
Podtrzymuję zdanie, że przedstawiony scenariusz z serii "a co jeśli..." był możliwy i kto wie czy nie zaszedł, choć oczywiście niekoniecznie jest to najbardziej parsymoniczny* wybór w oparciu o wspominane prace, no i z pewnością wymaga wielu założeń i uproszczeń. (...)
* Swoją drogą, problem parsymonii jest w przypadku macierzy morfologicznych bardzo problematyczny. Wiemy, że dla ustalania pokrewieństw liczą się tylko synapomorfie, nigdy autapomorfie. O ile w analizach molekularnych używa się śmieciowych sekwencji, na które nie działa presja selekcyjna, to w morfologii robi się coś przeciwnego (nie moja obserwacja, wyszło wczoraj w pewnej dyskusji)! Jeżeli dwa taksony mają wspólne cechy związane z budową kończyn, zębów, proporcjami elementów czaszki, to biorąc pod uwagę POWSZECHNOŚĆ konwergencji i znaną wartość adaptatywną tych elementów szkieletowych, oraz ograniczoną liczbę możliwych morfotypów w morfoprzestrzeni przystosowań funkcjonalnych i ekologicznych, czy nie bardziej parsymoniczne jest brać jako hipotezę 0, że taka spójność wskazuje na konwergencję? Może program powinien takie taksony, szczególnie jeżeli pochodzą z różnych horyzontów czasowych, domyślnie umieszczać na kladogramie osobno jako coś oszczędniejszego? ;-) My zaś przy odtwarzaniu filogenezy, zamiast zajmować się całym szkieletem, powinniśmy się skupiać na... bo ja wiem... kręgach, histologii... kontekście czasowym i biogeograficznym. Udało się to wyłapać w przypadku odległych konwergencji, np. popozaury i ornitomimozaury, ale w obrębie samych dinozaurów, wiele stanów, adaptacji mogło powstawać niezależnie, częste rewersje, paralelizmy, ewolucja iteratywna... myślę że BARDZO tego nie doceniamy i zastanawiam się na ile nasze klarowne obrazy filogenezy są jednym wielkim bajzlem, a wiele 'synapomorfii' to homoplazje
Myślę, że tego nie można rozstrzygnąć w dyskusji (jakościowo), potrzebne by były jakieś niezależne dane ilościowe... tak to można się tylko postawić na jakimś stanowisku, np. pesymisty jak powyżej ;-)
Dawid Mazurek pisze:Jak już wcześniej wskazałem w tym wątku, to może być plezjomorficzna budowa Paraves+Oviraptorosauria (Xu i in. 2011, Xiaotingia).
Bardzo podobny wydaje się też Sapeornis (którego Paul włączył do Oviraptorosauria!)
No skoro tak, to faktycznie dużo to zmienia, a więc pozycja w obrębie owiraptorozaurów, lub informatywna dla badania początków większego kladu (np. Paraves+Oviraptorosauria) plezjomorficzna budowa, być może ujawniona w związku z wiekiem ontogenetycznym, kto wie, może wręcz 2/3 Scansoriopterygidae to po prostu polifiletyczna grupa pisklaków? To by pasowało!!! Wiemy też, że wszystkie 3 okazy mogą być synonimiczne - dwa pisklaki i jeden dorosły o cechach pisklaków/przodków. Tak tylko głośno myślę... Innych możliwości nie widzę, no chyba że rekonstrukcje czaszek są tendencyjne...
Trafne stwierdzenia, z pewnością warte bliższego rozważenia.
Dawid Mazurek pisze:Też mam czasem wrażenie, że kladogramy są na odwrót.
Mógłbyś przedstawić proponowaną przez siebie topologię?
Nie chce mi się bazgrać, więc tak w skrajnym uproszczeniu: późna jura - najstarsze znane ptaki (linia
Archaeopteryx i
Anchiornis) współwystępują z pierwszymi wtórnymi nielotami (Scansoriopterygidae i ich owiraptorozaurzy potomkowie). Wczesna kreda - druga fala wtórnych nielotów (tetrapteryksy) i dalej z nich troodony, z których z kolei w później kredzie dromeozaury. Gdyby taki scenariusz był prawdziwy (a wątpię, aż tak prosto nie ma), to stosując definicje musielibyśmy powiedzieć, że troodony i dromeozaury powstały gdzieś w środkowej kredzie, a wcześniejsze 'troodony' to w rzeczywistości bazalne deinonychozaury. Ja wolę jednak by taksonomia nie pomijała aspektów anatomicznych i powiedziałbym że przy takim scenariuszu dromeozaury wydzieliły się z troodonów, które trwały nadal. Terizinozaury i alwarezzaurydy? Nie wiem, nie mam pomysłu na tą chwilę, musiałbym polookać więcej w drzewka...
Alwarezzauroidy czy terinozozaury spokojnie można pominąć, gdyż jest spora szansa, że są bardziej bazalne.
Nie musisz bazgrać, wystarczy, że napisałbyś coś takiego (jeśli dobrze odczytuję):
Archaeopteryx, Anchiornis [itp.] (Scansoriopterygidae+Oviraptoridae) (Microraptoria [?Sinovenator, Mei] (Troodontidae+Dromaeosauridae))
nie wiadomo, gdzie mają być problmatyczne Unenlagiinae i
Rahonavis. Powyższy scenariusz powoduje, że z trzech głównych ghost lineages (do Troodontidae, Dromaeosauridae i Microraptoria) powstaje jedna, czyli tak jak w większości hipotez, gdzie Microraptoria należy do Dromaeosauridae, które są taksonem siostrzanym Troodontidae.
Moim zdaniem znacznie przeceniasz znaczenie rozmieszczenia czasowego i przestrzennego znanych form. Oczywiście zawsze można stwierdzić, że zapis kopalny jest niekompletny, ale w tym przypadku jest to dobrze uzasadnione. Tak złożyło, że znamy kilka taksonów z wąskiego przedziału czasowego ze środkowej-późnej jury Chin (?oksford), jeden z końca jury Niemiec (tyton), później długo nic (oczywiście są ząbki, ale one są bardzo podejrzane) i od wczesnej kredy (?barrem) bardzo wiele, zwłaszcza z Chin i USA.
Anchiornis, Xiaotingia i
Eosinopteryx znane są praktycznie z tych samych osadów, zbliżone są
Pedopenna, Epidexipteryx i pisklaki
Epidendrosaurus (=
Scansoriopteryx). Pierwsze trzy oczywiście mogą być bazalnymi przedstawicielami kladu, który dał początek troodontydom, dromeozaurydom, ptakom, ale jak najbardziej też mogą być przedstawicielami jednej z tych linii (choć one same niekoniecznie tworzą odrębny klad) - właśnie z uwagi na to, że są tak bliskie czasowo i geograficznie. Biorąc np. topologię Agnolina i Novasa, to, że z tych samych osadów nie są znane linie bardziej bazalne niż te, które tam są obecne, nie znaczy, że nie było ich gdzieś indziej. Z Tiaojishan podobno znany jest alwarezzauroid podobny do
Haplocheirus (takie plotki gdzieś w necie krążyły, nie wiem na ile to prawda). Nie ma natomiast tyranozauroidów czy ceratozaurów, które znane są z pobliskich osadów (
Guanlong, Limusaurus), nie ma też przedstawicieli wielu innych grup, które powinny być tam obecne, jest za to sporo pterozaurów i tianyulongów. Jak dla mnie, to zdecydowanie za słabo znamy Tiaojishan i okolice, żeby z tego wyciągać daleko idące wnioski o niezgodności hipotezy filogenetycznej z czasem i geografią. Z Tiaojishan, Jehol czy Solnhofen znamy dużo małych taksonów, natomiast z innych stanowisk jest ich mało. Z Jehol znane są podobno setki(!) mikroraptorów, później długo nic, ale występowały też pojedyncze sztuki w kampanie-mastrychcie (
Hesperonychus, Luanchuanraptor), które znane są z dobrze przeczesanych osadów. Czy to znaczy, że to nie są mikroraptory? Inna sprawa to formy gondwańskie, które mają najdłuższe ghost lineages. Oczywiście
Rahonavis jako relikt, bardziej bazalny od zapewne wszystkich ptaków z Jehol czy Hiszpanii jest mało przekonujący, ale na ile znamy skały, gdzie szczątki jego przodka mogłyby być obecne? Na ile znamy w ogóle jurajskie i kredowe Paraves z Afryki, Madagaskaru, Indii? Tak samo Unenlagiinae. Sądzę, że filogenezę form gondwańskich trzeba uznać za bardzo niepewną i tu się pewnie zgodzisz (na podstawie anatomii, o której piszą Agnolin i Novas, wydaje się prawdopdobne, że to formy wtórnie naziemne).
Warto też wziąć pod uwagę 'Lori' - nienazwanego troodontyda z późnej jury Ameryki Płn., opisanego tylko w posterze z konferencji SVP z 2005 r. (
http://www.bhbfonline.org/AboutUs/Lori.pdf ). Polecam przeczytać, pewne dane są bardzo interesujące.
Dawid Mazurek pisze:Wczesna kreda - druga fala wtórnych nielotów (tetrapteryksy) i dalej z nich troodony, z których z kolei w później kredzie dromeozaury. (...) stosując definicje musielibyśmy powiedzieć, że troodony i dromeozaury powstały gdzieś w środkowej kredzie
Bardzo zaawansowane dromeozaurydy są już obecne we wczesnej kredzie - ?barrem (
Utahraptor).
Odnalezione w Nigrze tropy zostały pozostawione przez duże (3-4 m, wg Xinga i in., [2012] aż 4,7 m), prawdopodobnie środkowojurajskie deinonychozaury (Mudroch i in., 2011).
Mudroch, A., Richter, U., Joger, U., Kosma, R., Idé, O. & Maga, A. (2011) "Didactyl Tracks of Paravian Theropods (Maniraptora) from the ?Middle Jurassic of Africa" PLoS ONE 6(2), e14642. doi:10.1371/journal.pone.0014642
Xing, L., Li, D., Harris, J.D., Bell, P.R., Azuma, Y., Fujita, M., Lee, Y.-N. & Currie, P.J. (2012) "A new Dromaeosauripus (Dinosauria: Theropoda) ichnospecies from the Lower Cretaceous Hekou Group, Gansu Province, China" Acta Palaeontologica Polonica, doi:10.4202/app.2011.0115
Dawid Mazurek pisze:Ja wolę jednak by taksonomia nie pomijała aspektów anatomicznych i powiedziałbym że przy takim scenariuszu dromeozaury wydzieliły się z troodonów, które trwały nadal
Które cechy obecne u Troodontidae, są tak istotne, żeby dla samej tej morfologii robić z nich grad i które cechy dromeozaurydów są tak istotne, że odróżniają je od troodontydów?
Inaczej mówiąc - czym jest morfologia troodontydowa i dlaczego jest aż tak ważna dla nomenklatury?
Dawid Mazurek pisze:Rozumiem, że chodzi o to, że jestem zwolennikiem nomenklatury filogenetyczej i metody badania filogenezy za pomocą numerycznych analiz filogenetyczych. Nie wydaje mi się, żeby to była kwestia przyjęcia przeze mnie aktualnej mody... Mógłbyś podać konkretne przykłady, które potwierdzają Twoje słowa?
Nie tylko o to mi chodzi. Zarzuciłeś któremuś z moich pomysłów, że nie bierze pod uwagę Scansoriopterygidae. Ja w takim momencie mówię: poczekajmy, będzie 10 gatunków i konsens co do ich pozycji filogenetycznej, weźmie się je pod uwagę. Nie ma co się trzymać ustaleń sprzed roku, bo co kladogram trzeba by zmieniać scenariusz.
Zmieniać scenariusz, ale nie omijać wcześniejszych danych.
Zarzuciłem to scenariuszowi przedstwionemu przez Ciebie na samym początku wątku, który wyraźnie opiera się na topologii Godefroit et al. (2013).
Co jeśli nie będzie nowych gatunków ani konsensusu do pozycji? Te pierwsze jest zupełnie nieistotne a drugiego może też nigdy nie być. Te argumenty mnie więc totalnie nie przekonują. Jak już stwierdziłem, wolę total evidence.
Na dzień dzisiejszy można uznać Scansoriopterygidae za Maniraptora
incertae sedis - mogą być u podstawy: Avialae, Ornithurae, Paraves, Oviraptorosauria, obok Shenzhouraptor a nawet w Alvarezsauroida. Kto wie, może w niektórych hipotezach będą w Therizinosauria, Omnirovopterygidae albo Deinonychosauria - z tymi dwoma pierwszymi mają pewne wspólne cechy a co do Deinonychosauria, to mogą nawet reprezentować ich pierwotną morfologię (zob. np. Xu i in. 2011). Możliwe, że Scansoriopterygidae reprezentują pierwotną morfologię Maniraptora. Taki pogląd na systematykę - Maniraptora i.s. - będzie zapewne aktualny jeszcze długo. Ponieważ z dużą dożą prawdopodobieństwa znajdują się blisko podstawy Paraves i są stare (do czego przywiązujesz dużą wagę), to, choć są problematycze, należy je wziąć szczególnie pod uwagę, nawet samego
Epidexipteryx, może nawet tym bardziej, że mogą być plezjomorficzne także przez młodocianość.
Dawid Mazurek pisze:Dlaczego wczesna jura czy trias?
Daję ewolucji czas na zrobienie archeopteryksa, biorę pod uwagę prawdopodobną ghost lineage (szybujący przodek archeopteryksa z jakichś lasów na archipelagu wysp z którego nic w zapisie kopalnym nie przetrwało; pomyśl o rozprzestrzenieniu geograficznym dzisiejszych organizmów z perspektywami na aktywnie latających potomków), no i problematyczne jeżeli chodzi o datowanie ptasie (lub nie ptasie) tropy.
Nie mam zielonego pojęcia, ile może trwać powstanie akywnego lotu u np. lotopałanek. Może kilkanaśie milionów lat? Były jakieś badania na temat, ile może/mogło trwać powstanie lotu?
Mógłbyś dać jakiaś źródło twierdzenia, że na tym archipelagu były lasy?
O ile się nie mylę, nie ma tak wczesnych tropów, które pochodzą na pewno od ptaka (nie za bardzo rozumiem, co jaki klad chodzi, ale chyba o zawierający archeopteryksa; Martyniuk 2012 utworzył fajną nazwę Ornithes dla kladu archeopteryks+crown Aves).
Dawid Mazurek pisze:określony zestaw taksonów = specyfikatory
No gdyby tak było, że specyfikatorami w przypadku archozaurów byłyby i jakiś fitozaur i jakiś aetozaur i jakiś dinozaur i... to OK
z archozaurami sprawa jest bardziej skomplikowana, choć obecnie raczej ogranicza się je do ptaków+krokodyli
Dawid Mazurek pisze:Myślę że w ostatnich kilku latach w nieptasiodinozaurologii jest tylko kilka sensownych propozycji nowych nazw, reszta jest niepotrzebna.
Jak topologie drzew się ustabilizują, to znajdą się ludzie, którzy zaczną nazywać każde odgałęzienie, powstanie kupa nowych nazw, których nikt nie spamięta i po samej nazwie nie będzie w stanie powiedzieć, czy to jakaś ważna grupa, stąd jestem za tworzeniem jednostek parafiletycznych i nadawanie im rang. W przypadku trzech kolejnych taksonów leżących coraz bardziej w stronę korony (A(B(C(D-Z)))), lepiej utworzyć dla nich jedną jednostkę o randze mówiącej że to SUBIEKTYWNIE mała grupa, czyli zrobić rodzinę dla A, B i C, niż nazywać każdy z kladów z osobna.
Kwestia podejścia - do mnie bardziej przemawia kilka dobrze zdefiniowanych nazw i drzewko, bez zastanawiania się, czy dana nazwa dotyczy grupy monofiletycznej czy gradu, choć się zgadzamy, że co za dużo to niezdrowo.