FiloKodeks (PhyloCode)

Dyskusje na temat "strasznych jaszczurów"
Utahraptor
Moderator
Moderator
Posty: 2434
Rejestracja: 22 października 2007, o 18:29

FiloKodeks (PhyloCode)

Post autor: Utahraptor »

Temat wydzielony z innego (klik)
nazuul pisze:
dinek pisze:Mastodonsaurus, Acanthostega i Ichtiostegia
Dwa ostanie to nie są płazy, lecz bardziej prymitywne czworonogie (Tetrapoda). Naukowe (łacińskie) nazwy rodzajowe kursywujemy - użyj opcji "Edytuj" w celu poprawienia posta. Nie Ichtiostegia tylko Ichthyostega lub ichtiostega.

Tak sobie patrzę, że u innych ulubionymi płazami też często nie są płazy :wink: .

Wszystko jest kwestią klasyfikacji. Można te taksony uznawać już za płazy lub nie.
Ostatnio zmieniony 17 września 2016, o 10:33 przez nazuul, łącznie zmieniany 1 raz.
Powód: FiloKodeks a nie "Kod"
Biologia, UW

Awatar użytkownika
nazuul
Moderator
Moderator
Posty: 6688
Rejestracja: 3 grudnia 2007, o 19:51
Imię i nazwisko: Maciej Ziegler
Lokalizacja: Wielkopolska

Post autor: nazuul »

No to w takim razie tez jesteśmy płazami (przyjmując, że taksony powinny być kladami).
Ja tam się nie znam, ale na wikipedii jest napisane to co jest - http://en.wikipedia.org/wiki/Tetrapoda#Classification
Obrazek
[Stamp: Apsaravis] [Avatar: P. Weimer, CC BY-NC-SA 2.0]

Utahraptor
Moderator
Moderator
Posty: 2434
Rejestracja: 22 października 2007, o 18:29

Post autor: Utahraptor »

Ale taksony nie muszą być kladami :P :wink: Chciałem po prostu zaznaczyć, że to gdzie postawimy granicę między płazami a resztą jest arbitralne i nie jesteśmy przymuszeni stosować akurat takiej klasyfikacji, jeżeli potrafimy uzasadnić użycie innej.
Biologia, UW

Awatar użytkownika
Daniel Madzia
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur
Posty: 1609
Rejestracja: 15 marca 2006, o 12:39
Lokalizacja: Třinec, Česká republika
Kontakt:

Post autor: Daniel Madzia »

Na poczatek chcialbym zaznaczyc, ze nie znam sie na filogenezie "plazow", ale mowa/sprzeczanie sie o granicach jest moim zdaniem bezsensowna/e, bo wszystko mozna rozwiazac bardzo elegancko - definiowaniem nazwy "Amphibia". Standardowo "plazami" nazywane sa wszystkie organizmy posiadajace konczyny z wyjatkiem amniotow (czyli pod ta nazwa rozumiemy grupe parafiletyczna). My mozemy uzyc dla nazwy "Amphibia" crown-clade definition, wg ktorej Amphibia obejmowalaby wszystkie zyjace "plazy", ich ostatniego wspolnego przodka i wszystkich jego potomkow, w takim razie jednak bylaby nazwa synonimem nazwy "Lissamphibia". Jesli chcemy, zeby "Amphibia" byla nazwa dla kladu, mozna wybrac koncept "total clade" (czyli dla wszystkich organizmow blizej spokrewnionych z zyjacymi "plazami" niz z amniotami.

Ale jak juz zaznyczylem, nie znam sie na "plazach", wiec sam bym nie proponowal zadnej definicji. Byc moze nawet zostanie zaproponowana jakas autodestrukcyjna definicja, ktora jest (moim zdaniem) najlepszym rozwiazaniem dla takich nazw, jak np. "Reptilia" czy "Prosauropoda".

Nie wiem, dlaczego kazdy boi sie FiloKodu, skoro ten chyba zawsze potrafi wyjasnic sprawe elegancko i bez zenujacych dyskusji.

Utahraptor
Moderator
Moderator
Posty: 2434
Rejestracja: 22 października 2007, o 18:29

Post autor: Utahraptor »

Nie wiem dlaczego niektórzy boją się tradycyjnej klasyfikacji. Jest wygodna i użyteczna :P
Biologia, UW

Awatar użytkownika
Daniel Madzia
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur
Posty: 1609
Rejestracja: 15 marca 2006, o 12:39
Lokalizacja: Třinec, Česká republika
Kontakt:

Post autor: Daniel Madzia »

Utahraptor pisze:Nie wiem dlaczego niektórzy boją się tradycyjnej klasyfikacji. Jest wygodna i użyteczna :P
Dziala dla przyrody, ktora nie ewoluuje. Nie zna filogeneze.

Utahraptor
Moderator
Moderator
Posty: 2434
Rejestracja: 22 października 2007, o 18:29

Post autor: Utahraptor »

Działa dla każdej przyrody, klasyfikacja nie musi być zgodna z filogenezą, jeżeli taksony są parafiletyczne i monofiletyczne to wszystko ok. :P
Biologia, UW

Awatar użytkownika
Daniel Madzia
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur
Posty: 1609
Rejestracja: 15 marca 2006, o 12:39
Lokalizacja: Třinec, Česká republika
Kontakt:

Post autor: Daniel Madzia »

Utahraptor pisze:Działa dla każdej przyrody, klasyfikacja nie musi być zgodna z filogenezą, jeżeli taksony są parafiletyczne i monofiletyczne to wszystko ok. :P
Naprawde uwazasz, ze tak jest ok? Po co nam sa parafiletyczne czy nawet polifiletyczne taksony? To juz spokojnie mozemy zrobic systematyke na podstawie rozmarow czy trybu zycia. Dlaczego preferujesz balagan? Przeciez to nie ma sensu. :) Albo to po prostu tylko niechec do zmiany?

d_m

Post autor: d_m »

Zgadzam się z Utahraptorem. Klasyfikacja ma umożliwić poruszanie się w gąszczu taksonów, wyjaśnianie powiązan ewolucyjnych między taksonamii to inna kwestia.

Awatar użytkownika
Daniel Madzia
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur
Posty: 1609
Rejestracja: 15 marca 2006, o 12:39
Lokalizacja: Třinec, Česká republika
Kontakt:

Post autor: Daniel Madzia »

Dawid Mazurek pisze:Klasyfikacja ma umożliwić poruszanie się w gąszczu taksonów
Nomenklatura filogenetyczna nie jest klasyfikacja. ;) FiloKod umozliwia dokladniejsze, eleganckie i bardziej przejrzyste "poruszanie sie w gaszczu taksonow".

Utahraptor
Moderator
Moderator
Posty: 2434
Rejestracja: 22 października 2007, o 18:29

Post autor: Utahraptor »

Oj chyba nie masz doświadczenia w przedzieraniu się przez taksonomiczne dżungle. Filokod staje się popularny w klasyfikowaniu zwierząt kręgowych. Rzeczywiście jednostki taksonomiczne są wtedy monofiletyczne, nie ma rang i wszystko wydaje się przejrzyste. Jednak wyobraź sobie taką rodzinę jak baldaszkowate, czy tam selerowate (niedawno pozmieniali wiele nazw), które zawierają kilka tysięcy gatunków, czyli kilka razy tyle co znamy dinozaurów. Zrób teraz, tylko dla tej rodziny, klasyfikację według nomenklatury filogenetycznej. Powstaną Ci setki kladów, w których nikt nie będzie w stanie się połapać. Klady nie mają rang, więc w przypadku takiej ich ilości nie będziesz w stanie szybko się zorientować z jaką grupą roślin masz do czynienia na podstawie samej nazwy. Tradycyjna klasyfikacja jest wygodniejsza również w oznaczaniu organizmów. Znajdujesz roślinkę/zwierzątko/grzybka, sprawdzasz w kluczu co to za rząd, potem rodzina, potem rodzaj i ewentualnie gatunek. Wygodniejsze niż przedzieranie się przez sto, czy więcej kladów, którymi trzebaby to zastąpić prawda?

PS: Baldaszkowate/selerowate to po łacinie Apiaceae.
Biologia, UW

Awatar użytkownika
Daniel Madzia
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur
Posty: 1609
Rejestracja: 15 marca 2006, o 12:39
Lokalizacja: Třinec, Česká republika
Kontakt:

Post autor: Daniel Madzia »

Utahraptor pisze:Oj chyba nie masz doświadczenia w przedzieraniu się przez taksonomiczne dżungle.
Z calym szacunkiem - albo naodwrot. ;)
Utahraptor pisze:Filokod staje się popularny w klasyfikowaniu zwierząt kręgowych.
Nomenklatura filogenetyczna (ktorej zasady ustalone sa przez FiloKod) nie jest klasyfikacja. Juz o tym zreszta pisalem...
Utahraptor pisze:Jednak wyobraź sobie taką rodzinę jak baldaszkowate, czy tam selerowate (niedawno pozmieniali wiele nazw), które zawierają kilka tysięcy gatunków, czyli kilka razy tyle co znamy dinozaurów. Zrób teraz, tylko dla tej rodziny, klasyfikację według nomenklatury filogenetycznej. Powstaną Ci setki kladów, w których nikt nie będzie w stanie się połapać.
Wybacz, Matueusz, ale nie widze zadnego argumentu. Nikt nie twierdzi, ze wszystkie klady musza byc nazwane (zreszta to nawet nie jest mozliwe!). Z jakiego powodu pozmieniali nazwy? Czy to nie przypadkowo z tego powodu, ze analizy filogenetyczne wykazaly inne wyniki niz poprzednie (pierwotna systematyka nie zgadza sie z aktualnym stanem).
Utahraptor pisze:Klady nie mają rang, więc w przypadku takiej ich ilości nie będziesz w stanie szybko się zorientować z jaką grupą roślin masz do czynienia na podstawie samej nazwy.
Twoj argument (ktory niestety nie jest dobry) moge bardzo latwo uzyc przeciwko Tobie. I to chocby na przykladzie Apiaceae. Ty wiesz, ze Apium graveolens nalezy do rodziny Apiaceae juz z tego powodu, ze rodzaj Apium jest jej nominotypowym rodzajem. Ale z jakiego powodu do Apiaceae nalezy Arracacia xanthorrhiza (skoro Apiaceae moze byc taksonem polifiletycznym)? Jesli okaze sie, ze Apiaceae jest monofiletycznym taksonem, a chyba tak (Downie et al., 2000), nazwa "Apiaceae" musi byc wg FiloKodu uzyta dla tego kladu (wyjatek takiego postepowania nastepuje w kilku specyficznych wypadkach)! Tak wiec - jesli nazwa "Apiaceae" nie jest definiowana (nie jest clade name, tzn. nie spelnia warunkow FiloKodu, zeby nazwe uzanano za "zaakceptowana"), a takson, dla ktorego ta nazwa byla ustalona w ramach ICBN, nie jest (w ramach FiloKodu) nazwany, "Apiaceae" musi byc dla niego uzyta, przy czym jesli filogeneza kladu nie jest do konca wyjasniona, definicja moze miec wiecej zewnetrznych lub wewnetrznych specyfikatorow). Jesli wg jakiejs analizy jest standardowy koncept Apiaceae parafiletyczny (jakas grupka roslin w ramach tego taksonu okaze sie nalezec do innego taksonu), nazwa "Apiaceae" moze miec autodestrukcyjna definicje (self-destructive definition), kiedy to w wypadku pewnych hipotez filogenezy nie nalezy nazwa do zadnego kladu.

A propos orientacji na podstawie nazwy - oczywiscie - na podstawie nazwy nie zawsze mozna poznac o jaka grupe roslin (czy czegokolwiek innego) chodzi, ale definicje sa wybierane na podstawie tradycyjnego uzywania (tzn. nazwa zaakceptowana przez FiloKod bedzie uzyta dla tej samej grupy, co nazwa wazna wg ICZN czy ICBN,...; oczywiscie z ta roznica, ze jezeli nazwa bedzie uzyta, chodzi o klad).
Utahraptor pisze:Tradycyjna klasyfikacja jest wygodniejsza również w oznaczaniu organizmów. Znajdujesz roślinkę/zwierzątko/grzybka, sprawdzasz w kluczu co to za rząd, potem rodzina, potem rodzaj i ewentualnie gatunek.
Troche dziwna sytuacja - idziesz sobie po drodze i zobaczysz ptaka. Nie wiesz, co to za gatunek, ale na podstawie rangi stwierdzisz, o co chodzi? To mozliwe? OK, jestem troche sarkastyczny, ale nie wiem, jak to sobie wyobrazic. Klucz do identyfikacji wyobrazam sobie tak, ze szukasz dane, ktore jak najdokladniej odpowiadaja temu, co widziales (w lesie, na lace, nad stawem; czerwony, rozowy, zielony; spiewal, nie spiewal;...). Ranga systematyczna powie Ci, ze skoro chodzi o klase, to chyba tez zawiera jakies rzedy, rodziny itp., ale co z tego? Jaki sens ma polifiletyczna klasa? A jaki sens ma ogolnie ranga? Do klasy Reptilia nalezy klasa Aves (choc Aves wlasciwie nawet nalezy do podrzedu, ktory obejmuje sporo "nizszych" taksonow; a spora liczba tych taksonow nigdy nie miala zadnej rangi). Nie mowiac juz w ogole o tym, ze ranga systematyczna jest bardzo subiektywna kwestia (nie istnieja pewne zasady, co do uzywania rangow)!
Utahraptor pisze:Wygodniejsze niż przedzieranie się przez sto, czy więcej kladów, którymi trzebaby to zastąpić prawda?
O jakim przedzieraniu sie przez klady i potrzebie mowa? Czemu takson, ktory aktualnie zawiera cztery taksony ma po implementacji FiloKodu zawierac taksonow sto? Kto tak twierdzi? Co trzeba zastapic czym? Wybacz Mateuszu, ale nie widze zadnej zalety rangow i ogolnie systemow bazowanych na rangach. Sa niedokladne, subiektywne... utrzymywane z niecheci do zmiany.

d_m

Post autor: d_m »

Ja jednak wciąż zgadzam się z Mateuszem. Studiowałem biologię więc wiem jak na to wszystko patrzą botanicy i zoolodzy, specjaliści w różnych grupach. Oni tego nie chcą :P PhyloCode (i kladystyka) są bardzo popularne w zoologii kręgowców (a wybitnie w dinozaurologii) i tam się sprawdzają. OK. Co do innych specjalności nie widzę sytuacji w której miałoby dojść do rewolucji, przynajmniej nie w ciągu najbliższych lat.

Teraz coś odnoście kladystyki. Załóżmy sytuację następującą. Mamy takson A. Niewielka odizolowana populacja tego taksonu tworzy nowy - B. Kladogeneza była nagła, a w zapisie kopalnym nie zachowały się żadne formy pośrednie. Podobnie z odizolowanych populacji B powstają C i D. Z punktu widzenia przebiegu filogenezy C i D są oczywiście zagnieżdżone w B, a A jest monofiletyczne tylko gdy zaliczymy do niego B (z C i D). Ale w zapisie kopalnym mamy widoczne cztery dobrze odróżnialnie morfologicznie formy. Zaklasyfikujemy je jako cztery gatunki i użyjemy programu do analizy pokrewieństwa. Tempo ewolucji C (załóżmy) było nieznacznie większe od tempa ewolucji D. Z analiz wyjdzie nam: A(C(DB)). Gdzie tu zgodność kladogramu z filogenezą?

No i PhyloCode. Celem badań paleontologicznych (i w ogóle biologicznych) jest: wyjaśnienie pewnych zależności między organizmami i między nimi a środowiskiem, opisanie budowy i funkcji, wyjaśnienie zmian jakie zachodzą w biosferze i oczywiście zbadanie pokrewieństw między organizmami. Klasyfikacja ma nam tylko ułatwić zajmowanie się tym. Skomplikowane zasady definiowania grup to sztuka dla sztuki. Wszyscy oczywiście wiemy, że ryby to tylko grad - nietetrapodowe żuchwowce. Natomiast ryby jako gromada kręgowców świetnie sprawdzają się gdy chcemy o czymś powiedzieć: "byłem dziś na rybach" nie oznacza, że uważam ryby za klad, tylko że używam precyzyjnego pojęcia implikującego od razu określoną ekologię i fizjologię. Również na lekcjach biologii ujmowanie ryb w jedną grupę i nadawanie im rangi gromady jest bardzo przydatne. Kto powiedział że klasyfikacja musi być w 100% zgodna z filogenezą?

Tak dla wytłumaczenia - ja w tym - do pewnego stopnia pokoleniowym - sporze nie stawiam się jednoznacznie po żadnej ze stron, ale myślę że dopiero czas jest w stanie pokazać czy kladystyka z PhyloCodem mają szansę zachwiać pozycję systemu Linneusza.

Awatar użytkownika
Daniel Madzia
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur
Posty: 1609
Rejestracja: 15 marca 2006, o 12:39
Lokalizacja: Třinec, Česká republika
Kontakt:

Post autor: Daniel Madzia »

(A! Wiec "gromada", a nie "klasa". Nastepnym razem sprawdze zanim napisze. ;))
Dawid Mazurek pisze:Ja jednak wciąż zgadzam się z Mateuszem.
OK, nie o to mi chodzi. ;) Nie mam zamiaru kogokolwiek przekonywac o tym, ze cos jest lepsze czy gorsze. Faktem jest, ze duza ilosc tych, ktorzy nie chca FiloKod, nawet nie wie, o co chodzi (takie wrazenie mam rowniez z reakcji Mateusza).
Dawid Mazurek pisze:Studiowałem biologię więc wiem jak na to wszystko patrzą botanicy i zoolodzy, specjaliści w różnych grupach. Oni tego nie chcą :P
Jak zapewne wiesz, to tez nie jest argument. ;) Ja studiuje paleontologie i tez wiem, jak ci, ktorzy cale zycie pracuja z systematyka, stawiaja sie do zmian. Nasi paleontologowie tego tez nie chca, ale nie dlatego, ze znaja FiloKod i nie zgadzaja sie z jego zasadami, ale z tego powodu, ze cale zycie pracuja z rangami, sa do nich przyzwyczajeni i nie chca nic zmieniac. Mam z tym fajne doswiadczenie, bo na ustnym egzaminie z paleontologii gadalismy ponad 40 minut o FiloKodzie. Co z tego wyszlo? Pewien starszy paleontolog (nie chce podawac nazwiska) najpierw zapytal, co to jest FiloKod (po prostu nie wiedzial, bo nie chodzilo o pytanie w ramach egzaminu :)) a potem powiedzial, ze "swietnie dziala do miocenu, ale potem to juz zupelny chaos". Nie zrozumialem o co chodzi. Bardzo tego pana lubie, bo lepszych wykladow chyba nie slyszalem, ale widocznie po prostu nie zna FiloKod... No ale nie chce go - i tyle. :P
Dawid Mazurek pisze:PhyloCode (i kladystyka) są bardzo popularne w zoologii kręgowców (a wybitnie w dinozaurologii) i tam się sprawdzają. OK. Co do innych specjalności nie widzę sytuacji w której miałoby dojść do rewolucji, przynajmniej nie w ciągu najbliższych lat.
Nie tylko w zoologii kregowcow (choc oczywiscie tam jest najpopularniejszy). W botanice tez sie wspaniale sprawdza.
Dawid Mazurek pisze:Teraz coś odnoście kladystyki. Załóżmy sytuację następującą. Mamy takson A. Niewielka odizolowana populacja tego taksonu tworzy nowy - B. Kladogeneza była nagła, a w zapisie kopalnym nie zachowały się żadne formy pośrednie. Podobnie z odizolowanych populacji B powstają C i D. Z punktu widzenia przebiegu filogenezy C i D są oczywiście zagnieżdżone w B, a A jest monofiletyczne tylko gdy zaliczymy do niego B (z C i D). Ale w zapisie kopalnym mamy widoczne cztery dobrze odróżnialnie morfologicznie formy. Zaklasyfikujemy je jako cztery gatunki i użyjemy programu do analizy pokrewieństwa. Tempo ewolucji C (załóżmy) było nieznacznie większe od tempa ewolucji D. Z analiz wyjdzie nam: A(C(DB)). Gdzie tu zgodność kladogramu z filogenezą?
A gdzie jakikolwiek argument? :P ;) Jak sam wiesz, gatunek nie ma dokladnej definicji (zasada "dwa osobniki naleza do tego samego gatunku jezeli daja plodne potomstwo" nie moze byc uzyta dla wszystkich organizmow). Tym bardziej w paleontologii, gdzie praktycznie nie ma materialu genetycznego. Bardzo nie lubie wyrazu "forma posrednia", bo wg mnie jest bez sensu. Brzmi tak, jakby miedzy gatunkami byly stale granice, ale to nie prawda. Celem FiloKodu jest nazywanie kladow, co nie znaczy, ze nazywa tylko proste linie na kladogramie (w rzeczywistoscie nie - FiloKod nazywa "galezie" na drzewku). Nikt przeciez nie twierdzi, ze jezeli analizowany gatunek A okaze sie byc najbardziej bazalnym w kladogramie, to nie moze byc przodkiem gatunkow B, C i D. Jezeli w kladogramie okaze sie, ze gatunek D jest blizej spokrewniony z B niz z C (a jest naodwrot), to co w tym zlego? Gdzie jest argument przeciwko FiloKodowi? Wynik jest tylko hipoteza filogenezy. Nikt nie twierdzi, ze dokladnie tak bylo. Byc moze Tobie chodzi o to, ze ktos moze nazwac klad obejmujacy gatunki D i B? OK, prawde mowiac bardzo nie lubie, jak ktos opisze nowy gatunek, przeprowadzi analize i wprowadzi nazwe dla kladu obejmujacego jego gatunek i najblizszego krewnego (ostatnio bardzo popularne w ramach Titanosauria). To ale nie jest argumentem przeciwko FiloKodowi, poniewaz nazwanie kladu jest decyzja autorow opisu, a ci z kolei mogli spokojnie wprowadzic np. nowa podrodzine dla tych dwoch gatunkow bez jakiejkolwiek analizy. Uwazasz, ze tak byloby lepiej? ;) Tu przynajmniej wiemy, ze te dwa gatunki sa prawdopodobnie blisko spokrewnione.

W zadnym wypadku nie chce twierdzic, ze analiza kladystyczna jest super dokladna. Wszyscy wiemy, ze nie jest, bo nie pokazuje, jak doszlo do filogenezy. Wszyscy rowniez wiemy, ze jest do pewnego stopnia subiektywna, bo (1) analizowane znaki wybieramy my (a nie wiemy czy ktores z nich nie sa plezjomorficzne) i (2) wynikiem nie jest jedyne drzewko. Ciagle jednak chodzi o bardziej obiektywny sposob pracy niz samo ogladanie skamienialosci (nikt z nas nie potrafi w glowie analizowac takie mnostwo informacji, jak komputery).
Dawid Mazurek pisze:No i PhyloCode. Celem badań paleontologicznych (i w ogóle biologicznych) jest: wyjaśnienie pewnych zależności między organizmami i między nimi a środowiskiem, opisanie budowy i funkcji, wyjaśnienie zmian jakie zachodzą w biosferze i oczywiście zbadanie pokrewieństw między organizmami.
Zgadzam sie, ale jezeli parafiletyczne i polifiletyczne taksony sa OK, czemu przeprowadzac badania (znanych juz gatunkow) dotyczace pokrewienstw? A czemu na podstawie takich badan dochodzi do zmian? Rodzaje A i B naleza do rodziny Aidae w ramach nadrodziny Aoidea, gdzie obok Aidae mamy jeszcze rodzine Cidae z rodzajami C i D. Na podstawie badan okaze sie, ze typowy gatunek rodzaju C jest blisko spokrewniony z A (nawet blizej niz B z A). Rzucimy wiec rodzaje A, B i C do rodziny Aidae. Czemu? Przeciez nieszkodzi, ze Aidae i Cidae nie sa taksonami monofyletycznymi. Ale to nie wszystko. Poniewaz C byl nominotypowym rodzajem Cidae, rodzina obejmujaca rodzaj D musi miec inna nazwe (wiec chyba zaproponujemy Didae). To normalny postep, ale czy jest on potrzebny skoro nam nie przeszkadzaja parafiletyczne i polifiletyczne taksony?
Dawid Mazurek pisze:Skomplikowane zasady definiowania grup to sztuka dla sztuki.
Co tu jest skomplikowane? Jezeli nazwa ma definicje, to przynajmniej dokladnie wiemy, jak co mamy nazywac. Ciagle istnieje sporo ludzi, ktorze beda sie glupio klocic o to, co jest ptakiem, a co nie. Dlaczego? Nazwa "Aves" ma definicje, na podstawie ktorej jest zupelnie jasne, jakie taksony mamy tak nazywac.
Dawid Mazurek pisze:Wszyscy oczywiście wiemy, że ryby to tylko grad - nietetrapodowe żuchwowce. Natomiast ryby jako gromada kręgowców świetnie sprawdzają się gdy chcemy o czymś powiedzieć: "byłem dziś na rybach" nie oznacza, że uważam ryby za klad, tylko że używam precyzyjnego pojęcia implikującego od razu określoną ekologię i fizjologię.
Pewnie, ze wszyscy wiemy, co mamy sobie wyobrazic pod nazwa "ryba", ale czy dzisiejsza nauka rzeczywiscie rozwaza ryby jako "gromade Pisces"? ;) Jestes przekonany o tym, ze wszyscy wiedza, ze "ryby to nietetrapodowe zuchwowce"? Mysle, ze ludzie, ktorzy nie maja z biologia czy paleontologia bezposrednio do czynienia (czyli 99,9 % populacji), uwazaja, ze naukowcy nazywaja ryby rybami z tego powodu, bo sa razem blisko spokrewnione. OK, oczywiscie, ze nie przestane uzywac nazwe "ryby" z tego powodu, bo nie chodzi o klad. Uwazam jednak, ze pokrewienstwo jest tym, na podstawie czego nie tylko POWINNO sie nazywac rozne grupy (bo delfiny i wieloryby tez sobie plywaja, a nikt nie bedzie je wrzucal do gromady Pisces), ale przedewszystkim tym, na podstawie czego SA dzisiaj nazywane grupy.
Dawid Mazurek pisze:Kto powiedział że klasyfikacja musi być w 100% zgodna z filogenezą?
Nikt, bo nomenklatura filogenetyczna (i FiloKod) nie jest klasyfikacja. :) A dlaczego maja byc grupy monofiletyczne (tzn. dlaczego powinnismy uzywac nazw nalezacych do monofiletycznych grup)? Bo widocznie pokrewienstwo to jedyna logiczna rzecz, na podstawie ktorej mozna robic systematyke.
Dawid Mazurek pisze:myślę że dopiero czas jest w stanie pokazać czy kladystyka z PhyloCodem mają szansę zachwiać pozycję systemu Linneusza.
Naprawde uwazasz, ze takie zdanie jest dzisiaj aktualne? FiloKod powinien zostac wprowadzony z tego powodu, zeby nazywanie grup na podstawie pokrewienstwa bylo dokladne. Pewnie, ze po implementacji FiloKodu ludzie nie przestana kierowac sie ICZN lub ICBN, ale chec zaakceptowania nazwy w ramach FiloKodu (bo nikt nie bedzie chcial, zeby autorem definicji jego nowej nazwy byl ktos inny) zmusi naukowcow do czytania tych zasad i byc moze nawet kierowania sie nimi piszac artykuly naukowe.

Byc moze jestes bardziej rozwazny w tej kwestii niz ja. Moze dokladnie czytales FiloKod i stwierdziles, ze wygodniej Ci jest (np.) z ICZN. Ja tez go czytalem i interesowalem sie tym, dlaczego niektorzy nie chca rangow (i nomenklatury bazowanej na nich), i stwierdzilem, ze dla mnie jest wygodniejsza i bardziej logiczna wlasnie nomenklatura filogenetyczna.

d_m

Post autor: d_m »

Super, że rozwinęła się dyskusja, brakowało tego :) No cóż - nie trudno się nie zgodzić z Tobą Danielu. Niechęć do kladystyki i PhyloCode wynika zapewne najczęściej z przyzwyczajenia i niewiedzy. Przyznam, że w moim przypadku nieznajomość treści kodu ma z pewnością olbrzymie znaczenie. OK - przemyślę sobie to trochę, zajrzę do literatury (mam gdzieś kilka artykułów za i przeciw stosowalności w paleontologii) i odpowiem (jako przedstawiciel jednej ze stron) :P

Utahraptor
Moderator
Moderator
Posty: 2434
Rejestracja: 22 października 2007, o 18:29

Post autor: Utahraptor »

Szkoda, że musiałem przerwać dyskusję i nie zdążyłem do niej wrócić nim wygasła. Swoją drogą napisz mi na priva Daniel jak Ci się studia podobają i jak pierwsza sesja :)
W między czasie pojawił się wątek niezawodności kladystyki, ale ja wolę to zostawić na inną rozmowę. Chciałem podyskutować o użyteczności stosowania nomenklatury filogenetycznej i tradycyjnej - rangowej oraz dlaczego się przyjęły tu, a nie tam. Jeśli priorytetem w systematyce jest filogeneza i monofiletyczność taksonów to lepsza jest nomenklatura filogenetyczna. Jednak, gdy chcemy się poruszać w grupie obejmującej setki i tysiące taksonów, a akceptujemy parafiletyczność, to rangi są wygodne, łatwiej się zorientować z czym masz doczynienia. Dla mnie jest to wtedy bardziej przejrzyste, choć może to efekt przyzwyczajenia.
Podkreślam, że nie jestem jakimś przeciwnikiem Filokodu. Po prostu pokazuję dlaczego ludzie nie przeszli masowo do stosowania tej nowości.
Biologia, UW

Awatar użytkownika
Daniel Madzia
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur
Posty: 1609
Rejestracja: 15 marca 2006, o 12:39
Lokalizacja: Třinec, Česká republika
Kontakt:

Post autor: Daniel Madzia »

Utahraptor pisze:Szkoda, że musiałem przerwać dyskusję i nie zdążyłem do niej wrócić nim wygasła.
Zawsze mozna do niej powrocic. ;) (prawde mowiac, Twoj post zauwazylem dopiero dzisiaj :oops:).
Utahraptor pisze:W między czasie pojawił się wątek niezawodności kladystyki, ale ja wolę to zostawić na inną rozmowę. Chciałem podyskutować o użyteczności stosowania nomenklatury filogenetycznej i tradycyjnej - rangowej oraz dlaczego się przyjęły tu, a nie tam.
No to mow. :P
Utahraptor pisze:Jeśli priorytetem w systematyce jest filogeneza i monofiletyczność taksonów to lepsza jest nomenklatura filogenetyczna. Jednak, gdy chcemy się poruszać w grupie obejmującej setki i tysiące taksonów, a akceptujemy parafiletyczność, to rangi są wygodne, łatwiej się zorientować z czym masz doczynienia.
Nie dokonca. ;) Teoretycznie to oczywiscie bardzo wygodna rzecz, ale praktycznie dziala katastrofalnie. Ranga to kwestia subiektywna; chcesz zeby chodzilo o rzad? OK, nie ma problemu. Albo jednak podrzad? Dabra, moze byc... Czyli tak - orientujesz sie tylko w kilku "wersjach" systemu...
Utahraptor pisze:Podkreślam, że nie jestem jakimś przeciwnikiem Filokodu. Po prostu pokazuję dlaczego ludzie nie przeszli masowo do stosowania tej nowości.
Z calym szacunkiem do Twojej osoby - naprawde, pokazales. ;)

Utahraptor
Moderator
Moderator
Posty: 2434
Rejestracja: 22 października 2007, o 18:29

Post autor: Utahraptor »

Ranga to kwestia subiektywna
Ależ oczywiście. Nikt nie próbuje udawać, że tak nie jest. Pytanie czy chcemy mieć systematykę użyteczną, ale sztuczną, czy bardziej skomplikowaną, ale zgodną z filogenezą? Większość badaczy poszła na kompromis: likwiduje się taksony polifiletyczne, ale zostawia parafiletyczne, robi się rangi, ale stara się, by dotyczyły gałęzi ewolucyjnych o określonej wielkości.
orientujesz sie tylko w kilku "wersjach" systemu...
Ale po samych nazwach wiem, w którym jestem miejscu, niezależnie od wersji. W przypadku filokodu (spolszczam) muszę mieć przy sobie drzewo, by się orientować.
Z calym szacunkiem do Twojej osoby - naprawde, pokazales.
Widzę, że Ciebie to nie przekonuje :)
Ja na studiach korzystam z jednego i drugiego systemu (zależy od przedmiotu). Moim zdaniem oba mają wady i zalety. Jednak zwolennikom jednego i drugiego zawsze staram się uświadomić, o ile mi mojej skromnej wiedzy wystarczy, że alternatywa nie jest wcale taka straszna, jak ją lubią malować. :mrgreen:
Biologia, UW

Awatar użytkownika
Daniel Madzia
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur
Posty: 1609
Rejestracja: 15 marca 2006, o 12:39
Lokalizacja: Třinec, Česká republika
Kontakt:

Post autor: Daniel Madzia »

29.4. mialem u nas na uniwersytecie wyklad na temat nomenklatury filogenetycznej i FiloKodu. Super doswiadczenie, ale katastrofalne zawiedzenie wiedza (czy raczej podejsciem do niej). Naprawde, myslalem, ze nieznajomosc FiloKodu i nomenklatury filogenetycznej wynika wylacznie z nieznajomosci tresci kodu, ale ona wynika z nieznajomosci podstawowych rzeczy i niecheci do wytlumaczenia ich znaczenia. W czlowieku sie naprade gotuje, jak slyszy aroganckie i pozamerytoryczne sposoby argumentowania. Czemu taka nienawisc? Przeciez to, o co chodzi FiloKodowi to stabilnosc (polaczenie nazwy z taksonem nie powinno sie po czasie "przerywac"), uniwersalnosc (wszyscy biologowie i paleontologowie powinni uzywac identyczne nazwy dla identycznych taksonow) i przejrzystosc (jednoznaczne polaczenie nazwy z taksonem). Bede na ten temat obszernie odpowiadal na WP po czesku. To, czemu o tym pisze tutaj, jest w pewnym sensie chec blagania o rzeczywiscie naukowe podejscie do sprawy. Jak ktos chce argumentowac przeciwko filozofii nomenklatury filogenetycznej i zasadom, ktore proponuje FiloKod, to niech o tym cos wie!

EDIT
Zmienilem nazwe watku, bo nie byla poprawna.

Utahraptor
Moderator
Moderator
Posty: 2434
Rejestracja: 22 października 2007, o 18:29

Post autor: Utahraptor »

Niech zgadnę... zapytali się Ciebie, czy w takim razie ludzie są rybami?
Biologia, UW

Awatar użytkownika
Daniel Madzia
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur
Posty: 1609
Rejestracja: 15 marca 2006, o 12:39
Lokalizacja: Třinec, Česká republika
Kontakt:

Post autor: Daniel Madzia »

Utahraptor pisze:Niech zgadnę... zapytali się Ciebie, czy w takim razie ludzie są rybami?
Nie, ich pytania byly na szczescie bardziej inteligentne...

Utahraptor
Moderator
Moderator
Posty: 2434
Rejestracja: 22 października 2007, o 18:29

Post autor: Utahraptor »

To jeszcze nie było tak źle :wink: ...
Biologia, UW

Awatar użytkownika
Daniel Madzia
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur
Posty: 1609
Rejestracja: 15 marca 2006, o 12:39
Lokalizacja: Třinec, Česká republika
Kontakt:

Post autor: Daniel Madzia »

Utahraptor pisze:To jeszcze nie było tak źle :wink: ...
Tu nie chodzilo o ich pytania, ale absolutna niechec do sluchania mnie (pomimoze sami mnie zaprosili!) i zrozumienia absolutnych podstaw. Jak tacy ludzie moga z siebie robic autorytety w kwestii nomenklatury, jak w ogole nie znaja podstawowych zasad?

Utahraptor
Moderator
Moderator
Posty: 2434
Rejestracja: 22 października 2007, o 18:29

Post autor: Utahraptor »

Ostatnio rozmawiałem z filogenetykiem molekularnym, licząc na opinię i łyk wiedzy na ten temat. Niestety nie interesował się tym tematem i niewiele mi mógł powiedzieć. System lineuszowski jest na tyle wygodny i zakorzeniony w umysłach, że nikomu się niechce z niego rezygnować.
Biologia, UW

Awatar użytkownika
Daniel Madzia
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur
Posty: 1609
Rejestracja: 15 marca 2006, o 12:39
Lokalizacja: Třinec, Česká republika
Kontakt:

Post autor: Daniel Madzia »

Utahraptor pisze:Ostatnio rozmawiałem z filogenetykiem molekularnym, licząc na opinię i łyk wiedzy na ten temat. Niestety nie interesował się tym tematem i niewiele mi mógł powiedzieć.
On przeciez nie musi sie tym interesowac. ;)
Utahraptor pisze:System lineuszowski jest na tyle wygodny i zakorzeniony w umysłach, że nikomu się niechce z niego rezygnować.
Uwazaj na uzywanie wyrazu "nikomu". ;) Uwazaj tez na uzywanie pojecia "system lin[n]euszowski", bo tu mowimy o kodach nomenklatury i ICZN czy ICBN nie odzwierciedlaja dobrze "linneuszowski" system, bo Linneusz nie proponowal typowych koncowek dla nazw. Co do wygodnosci, nie mam pojecia, o czym mowa, ale poczytaj nasza dyskusje z Dawidem (KLIK).

ODPOWIEDZ